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genoveffa
Nuovo Arrivato
Prov.: Avellino
25 Messaggi |
 Inserito il - 15 giugno 2006 : 14:59:37
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ho alcuni dubbi
psi blast è utilizzato per il confronto fra famiglie di proteine?i programmi di blast usano solo blosum, cercano di allineare sequenze,valutano la qualità dell'allineamento?in blast due allineamenti con lo stesso score rappresentano sequenze della stessa lunghezza? ti ringrazio tantissimo
grazie mille
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2006 : 16:27:38
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ciao! scusa, mi avevi mandato anche un PM ma non ho fatto in tempo a rispondere.
psi-blast e' un'evoluzione di blast, e teoricamente piu' che per eseguire il confronto fra due famiglie di proteine, potrebbe essere utilizzato per ottenere un profilo (una matrice di frequenza) che ne rappresenti una.
In pratica, esistono diversi modi per rappresentare una famiglia di proteine in un formato memorizzabile dal computer: uno di questi sono le PSSM (Position Score Specific Matrixes), che indicano per ogni posizione, la possibilita' di trovare una base. Esistono altre rappresentazioni, come le HMM.
Per ottenere una PSSM, puoi usare anche il semplice blast, se utilizzi la versione online di ncbi-blast, puoi selezionare di ricevere l'output come PSSM anziche' come 'Alignment': dopo aver avviato l'allineamento, ti verra' fuori una pagina piu' o meno incomprensibile (che pero' per un computer ha senso), che rappresenta una matrice.
La differenza e' che con Psi-Blast, puoi ottenere matrici piu' accurate, perche' non fai altro che ripetere l'allineamento ottenendo ogni volta una matrice piu' precisa.
Citazione:
i programmi di blast usano solo blosum, cercano di allineare sequenze,valutano la qualità dell'allineamento?
no, possono usare anche le PAM! Prova ad andare sempre su ncbi-blast,
e vedi che e' possibile cambiare anche la matrice.
Nella versione da riga di comando di Blast, e' possibile impiegare anche matrici customizzate, anche se credo che siano un po' complicate da ottenere ;).
La qualita' dell'allineamento e' valutata tramite alcuni parametri: il punteggio puro, il P-Value (la probabilita' che l'allineamento sia un falso positivo), e l'E-value, che e' simile al P-value ma dipende dalle dimensioni del database (cosi' puoi confrontare allineamenti su database di grandezze differenti). In genere solo quest'ultimo e' significativo, visto che e' derivato dagli altri due.
Citazione:
in blast due allineamenti con lo stesso score rappresentano sequenze della stessa lunghezza?
No, solo due sequenze in cui il numero di gaps e i punteggi per le varie sostituzioni sono gli stessi. Puo' darsi che due sequenze abbiano lo stesso punteggio e la stessa lunghezza, ma e' un caso.. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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genoveffa
Nuovo Arrivato
Prov.: Avellino
25 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2006 : 19:18:37
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grazie di tutto senza i tuoi chiarimenti non saprei come fare |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2006 : 21:53:50
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| E' che non posso resistere ad una domanda di bioinformatica ;) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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PDIPALMA
Nuovo Arrivato
1 Messaggi |
Inserito il - 12 febbraio 2009 : 20:01:38
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| ragazzi sapreste rispondere a questa domanda:fasta valuta la significatività statistica degli allineamenti attraverso un extreme distribution? |
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