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a package written in R and released under the GNU GPL, which allows users to test gene lists for significant microRNA–target associations using one of three separate statistical tests, to link microRNA targets to functional annotation and to visualize quantitative data associated with those data.

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un pacchetto che fornisce una sintassi alternativa per la creazione dei grafici, cosí come fa lattice.
Il concetto alla base di ggplot é che un grafico é la somma di diversi elementi, come il sistema di coordinate, i colori, lo stile di rappresentazione dei dati, linee di tendenza ed elementi grafici.
In questo modo ggplot permette di creare un grafico 'sommando' i diversi elementi che lo compongono, e questo semplifica parecchio la scrittura di funzioni e librerie, e permette di applicare lo stesso layout a dati differenti con poco sforzo.
Altri punti di forza sono i valori di default studiati accuratamente, la facilitá nel creare plots multipli (facets) e la buona documentazione disponibile.

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È spesso di fondamentale importanza poter scrivere programmi nei quali viene compiuta più di un'operazione contemporaneamente. [...] E' utile per scrivere ad esempio dei daemon: un programma rimane in attesa di un evento e, quando questo si verifica, compie una serie di compiti rimanendo allo stesso tempo in attesa di un altro evento. [...] Perl mette a disposizione dello sviluppatore due tipi di programmazione concorrente: quella basata sui processi, e quella basata sui thread. [...] Con le recenti versioni dell'interprete quest'ultima è diventata un'eccellete alternativa al forking

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The package "nparLD" is designed to perform nonparametric analysis of longitudinal data in factorial experiments. Longitudinal data are those which are collected from the same subjects over time, and they frequently arise in biological sciences. Nonparametric methods do not require assumptions on distributions of parameters, and are applicable to a variety of data types (continuous, discrete, purely ordinal, and dichotomous). Such methods are also robust with respect to outliers and for small sample sizes.

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Facilities for groupwise computations of summary statistics and other facilities for working with grouped data.

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Messaggio inserito da kORdA

[Perl module] - thread e Thread::Semaphore

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Messaggio inserito da kORdA

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Messaggio inserito da kORdA

[Perl module] - thread e Thread::Semaphore

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Esiste in un package per fare multi-threading in R? Dovrei lanciare la stessa funzione più volte e vorrei lanciarne più di una simultaneamente da dentro uno script R unico.

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Messaggio inserito da dallolio_gm

[Python module] - heapq

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an implementation of the heap queue algorithm, also known as the priority queue algorithm.

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> Un HEAP è un particolare tipo di struttura dati, ideale per ordinare una lista di elementi o avere una lista elementi che deve essere sempre ordinata, e per fare cose come ottenere il valore piu' grande di una lista o il minore.

Un esempio:

>>> import heapq
# n largest element of a list
>>> heapq.nlargest(2, [1, 2, 3, 4,1, 15, 23], )
[23, 15]

<

src and documentation: http://docs.python.org/library/heapq.html

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Citazione:

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Messaggio inserito da dallolio_gm
Non saprei, prova a dare una occhiata su stackoverflow:
- http://www.google.es/search?q=site%3Astackoverflow.com+multiple+process+r&ie=utf-8&oe=utf-8&aq=t&rls=org.mozilla:en-US:official&client=firefox-a

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Citazione:

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Messaggio inserito da kORdA

Citazione:

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Messaggio inserito da dallolio_gm
Non saprei, prova a dare una occhiata su stackoverflow:
- http://www.google.es/search?q=site%3Astackoverflow.com+multiple+process+r&ie=utf-8&oe=utf-8&aq=t&rls=org.mozilla:en-US:official&client=firefox-a

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Ugh... ho letto qualcosa sui package "Rmpi" e "snow". Mi aspettavo qualcosa di più semplice e immediato, di analogo al modulo "thread" in Perl. Ho necessità di lanciare semplicemente più processi in una volta, non di configurare MPI... grazie lo stesso per il post

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Bindings di TCL/TK per R.

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install.packages("tcltk")

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Facilities in the R language for programming graphical interfaces using Gtk, the Gimp Tool Kit.

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Nose - framework for executing tests in python

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This will permit the control of the the R (R-project) interpreter through Perl in different architectures and OS. You can for example, start only one instance of the R interpreter and have different Perl process accessing it.
[...]The main pourpose of Statistics::R is to start a single R interpreter that hear multiple Perl process.

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Messaggio inserito da kORdA
Esiste in un package per fare multi-threading in R? Dovrei lanciare la stessa funzione più volte e vorrei lanciarne più di una simultaneamente da dentro uno script R unico.

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Citazione:

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This module is for manipulating data as hierarchical tag/value pairs (Structured TAGs or Simple Tree AGgreggates).
These datastructures can be represented as nested arrays, which have the advantage of being native to perl.

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