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stefanken
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39 Messaggi |
 Inserito il - 19 febbraio 2010 : 12:44:41
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Carissimi,
lo so che spesso ci si imbatte nel problema opposto, abbiamo una libreria di composti in 2d e vogliamo trasformarla in 3d,
ma questa volta ho un SDF con le strutture dei composti già in 3D e mi piacerebbe trasformali in 2D prima di importarli nel mio DBMS in modo tale da avere una migliore visualizzazione dei composti quando sfoglio il DB.
Come faccio?
Grazie a tutti e a presto
Stefano
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stefanken
Nuovo Arrivato
39 Messaggi |
Inserito il - 19 febbraio 2010 : 13:47:28
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Carissimi,
ho travato la soluzione cercando un po' meglio sul web e mi rispondo da solo per chi avesse il mio stesso problema.
E' possibile utilizzare molconverter (all'interno della suite jchem - http://www.chemaxon.com/marvin/doc/user/molconvert.html )
utilizzando la seguente sintassi:
$ molconvert sdf -2 input.sdf -o output.sdf
non posso ancora confermare che funzioni perché il tutto è ancora in esecuzione (il mio db di molecole è di circa 5 GB, devo convertire e poi importare nel mio DBMS...)
ma dando un'occhiata ai primi record del file che sta producendo mi sembra funzionare (le coordinate z sono diventate 0 e sono cambiate sia le x che le y....)
Naturalmente se dovesse andare male vi farò sapere
Saluti
Stefano
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 19 febbraio 2010 : 13:53:07
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| bene, grazie mille per aver postato la risposta! E' una abitudine molto buona e sará utile ad altre persone che si troveranno ad affrontare lo stesso problema. Facci sapere se va bene! :-) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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stefanken
Nuovo Arrivato
39 Messaggi |
Inserito il - 22 febbraio 2010 : 13:28:42
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Ok, confermo che nel mio caso ha funzionato benissimo.
Nello specifico ho scaricato una libreria di piccoli composti dal database zinc ed ho provato ad importarlo in un database locale (simile ad ISIS base, ma fatto in casa).
Importando le molecole in 3d, la rappresentazione delle stesse nel DB non è molto chiara (si ottiene in pratica la proiezione in 2d della immagine tridimensionale) ma avendo l'accortezza di convertire in 2d le immagini, prima dell'importazione nel db, le molecole vengono rappresentate con chiarissime formule di struttura.
Saluti
Stefano
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help: file SDF da 3d a 2d
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