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ermesmercury87
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
 Inserito il - 20 febbraio 2010 : 18:59:08
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salve a tutti ho un problema enorme con genscan! devo consegnare l'esame entro lunedi su uno studio da fare su una sequenza genomica da individuare in ucsc chr19:40223193..40249317, questa regione contiene una porzione del gene umano che codifica per CLC.se però prendo questa sequenza genomica e la metto in genscan il programma mi fa una predizione sbagliata, considerando la dimensione della regione e il fatto che il gene non è intero al suo interno ho pensato che probabilmente è giusto che genscan possa sbagliare, però mi sembra strano un esercizio del genere, per favore aiutatemi
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 21 febbraio 2010 : 12:15:01
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| Quanto é sbagliata la predizione? Purtroppo se il risultato é sbagliato non c'é molto da fare, puoi provare a giocare con i parametri ma più di tanto non si può fare. Potresti provare con un altro dei programmi qui: http://www.genefinding.org/software.html . Considera che comunque si tratta di un programma piuttosto vecchiotto e che anche con la sequenza genomica completa potresti ottenere dei falsi positivi o risultati sbagliati. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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ermesmercury87
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 21 febbraio 2010 : 12:25:07
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| grazie! cmq la predizione è proprio sballata, praticamente il gene che si trova in questa regione codifica per una proteina umana, ora se prendo questa regione tutta quanta e la metto in genscan questo mi dà una seq proteica che mettendola in pblast mi trova prot con score discreto che però sono tutte di bostaurus e non sono omologhi della proteina, io ho preso la sequenza e l'ho ridotta un pò, in questo modo si trova tutto ma non so se è un processo corretto |
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stefanken
Nuovo Arrivato
39 Messaggi |
Inserito il - 22 febbraio 2010 : 13:51:47
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Ciao,
1) GenScan è un predittore. In quanto tale naturalmente può non funzionare come ci si aspetta su sequenze note. Nel tuo caso hai sicuramente un falso negativo (CLC) e (forse? Probabilmente?) un falso positivo (il tuo ortologo di Bos taurus...). Però pazienza, è un predittore, è stato istruito su 570 geni (sono aumentati nell'ultima release?) di metazoi mica puoi azzeccarci sempre, no?
2) genscan utilizza pattern relativi a siti di giunzione. Se gli passi solo un pezzo di gene è possibile che queste informazioni non vengano identificate. Questo poveretto cerca giunzioni di splicing, rimuove gli introni virtuali e controlla se in quello che resta c'è una ORF. Se gli togli un pezzo di gene mi sembra plausibile che la cosa diventi difficoltosa. Certo, GenScan dovrebbe essere avvezzo a questo problema e dovrebbe essere in grado di individuare geni da informazioni parziali (anche il progetto genoma è stato fatto a pezzettini, no?) e mi sembra strano che ottieni le informazioni che ti servono RIDUCENDO la sequenza nucleotidica in input....
detto questo, sei sicura delle coordinate relative alla sequenza in questione?
Sei sicura che le coordinate fornite siano basate sull'assebly di ucsc? E' possibile che queste coordinate si riferiscano ad una versione precedente dell'assembly? O peggio ancora a gene di NCBI?
Se sballano le coordinate (perché nel frattempo ne informazioni su ucsc sono state aggiornate) è chiaro che non prendi la sequenza corretta dal genome browser.
Oh, ma forse cercavi risposte e non altre domande, scusami....
In ogni caso, secondo me, quello che hai fatto è corretto e coerente col testo dell'esercizio. E anche GenScan è coerente col suo algoritmo quindi non ho obiezioni al tuo 30 e lode.
In bocca al lupo
Saluti
Stefano
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