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Moloney
Nuovo Arrivato
111 Messaggi |
 Inserito il - 25 febbraio 2010 : 12:12:47
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Ciao!
Vorrei chiedere: è importante il senso di un response element rispetto al gene?
Ovvero, mettiamo che il response element di un TF sia ATTGGCA (esempio casuale). Se si trova "antisenso", rispetto al gene, funziona comunque?
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cami
Utente Junior
Città: roma
136 Messaggi |
Inserito il - 25 febbraio 2010 : 16:34:24
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| perdonami, ma non ho capito molto bene la domanda... il response element è una sequenza presente sul DNA cui si lega il TF, che intendi per "antisenso rispetto al gene"? |
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Moloney
Nuovo Arrivato
111 Messaggi |
Inserito il - 26 febbraio 2010 : 10:26:22
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Intendo dire che la sequenza nota di legame del TF al DNA è, ad esempio: ACCAGTG. Si trova a monte del gene, ovviamente. Se questa sequenza si trovasse nel senso opposto, ovvero fosse CACTGGT, sarebbe la stessa cosa?
Non so se mi sono spiegato |
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cami
Utente Junior
Città: roma
136 Messaggi |
Inserito il - 26 febbraio 2010 : 12:00:03
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| presumibilmente la risposta è no, non sarebbe la stessa cosa... il discorso è che il tuo TF ti si dovrebbe legare lo stesso, anche perchè la tua sequenza invertita CACTGGT è la stessa che si trova nel filamento antisenso della sequenza ACCAGTG, no? quindi il TF riconosce la sua sequenza complementare, indipendentemente dal fatto che si trovi sul filamneto senso o antisenso. il problema è che non ti so dire se la trascrizione avviene normalmente oppure no, e suppongo che dipenda dal gene in questione. nel caso di p53, ad esempio, è stato dimostrato che se i siti di binding hanno un diverso orientamento sul gene, la trascrizione viene repressa invece che attivata, però sinceramente non so se questo valga per tutti i geni.. tendenzialemnte sarei portata a pensare che ad una sequenza diversa corrisponda un effetto diverso, anche perchè l'esempio che ti ho fatto conferma la mia supposizione, però non ne ho la certezza assoluta, mi dispiace... |
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Moloney
Nuovo Arrivato
111 Messaggi |
Inserito il - 27 febbraio 2010 : 17:18:23
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| E' importante, non è una pippa teorica. Devo clonare questo binding site preso dal promotore di un gene, a monte di un promotore basale che controlla un gene reporter. Nella sequenza presa da genome browser, però, questo RE è reverse, quindi non so... |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 28 febbraio 2010 : 02:12:26
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Se non ricordo male dipende dal TF.
In alcuni casi funziona in entrambi i sensi, in altri no. In alcuni casi funziona sia che l'elemento sia a valle che a monte del gene in altri casi no...
Consiglierei di leggere bene la letteratura su quel TF e di assicurarti di fare gli opportuni controlli positivi e negativi dopo che l'avrai clonato. |
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Moloney
Nuovo Arrivato
111 Messaggi |
Inserito il - 01 marzo 2010 : 14:46:55
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Il TF in questione è c-myb... Non ho trovato nulla al riguardo, non è che potreste darmi una mano? |
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Response elements di TFs
Didattica
