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biodan
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1 Messaggi

Inserito il - 29 giugno 2006 : 19:41:12

salve,
ho applicato psi-blast in locale usando il tool dell' ncbi ed ho ottenuto sia il file risultato sia il file PSSM. qualcuno conosce qulche libreria o tool che mi permetta di ricavare da questi due file le informazioni su inserzioni e delezioni (ls loro posizione nella sequenza) e la posizione degli aminoacidi della sequenza query?

vi ringrazio in anticipo..

biodan

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 30 giugno 2006 : 10:46:39

Hai dato un'occhiata alle varie opzioni di output (-m) di blast? forse c'e' gia' quello che stai cercando.
Altrimenti, dipende dal sistema che hai utilizzando (Unix, Mac, Win), da quello che sai utilizzare, e eventualmente dai linguaggi di programmazione che conosci (perl, python, awk..)
Potresti dare un'occhiata anche al pacchetto emboss (http://emboss.sf.net), che possiede dei tool per l'analisi di sequenze.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)