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lentivector
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 Inserito il - 30 giugno 2006 : 18:03:31
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Qualcuno sa spiegarmi chiaramente come è possile fare un analisi di linkage disequilibrium in uno studio retrospettivo (caso-controllo)su polimorfismi genetici coinvolti nello sviluppo di una qualsiasi malattia? In molti di questi studi vengono verificate puntualmente l'hardy weinberg equilibrium e il linkage disequilibrium. Ho appena concluso i miei studi, ma non ho mai studiato questa roba e adesso che mi sto avvicinando a studi sia prospettici che retrospettivi mi sto rendendo conto delle grosse lacune di genetica e di statistica che mi porto dietro.
I dati che si collezionano in uno studio caso-controllo sono 4 gruppi di numeri per gene, cioè:
numero dei pazienti malati portatori della mutazione
numero dei pazienti sani portatori della mutazione
numero dei pazienti malati senza mutazione
numero dei pazienti sani senza mutazione
Verificare se esiste linkage disequilibrium tra due polimorfismi genetici significativamente coinvolti nello sviluppo di una patologia serve a comprendere se uno o entrambi i polimorfismi possono considerarsi fattori di rischio (giusto?).
Quando può essere effettuata questa analisi?
Ho due polimorfismi su geni praticamente adiacenti, è già questo un presupposto per fare questa analisi? Come si effettua la scelta dei marker? Nel mio caso gli SNPs sono i miei marker? Che dati occorrono ad un qualsiasi software di calcolo del linkage per effettuare l'analisi? Trovo comprensibile power marker, ma non so che dati gli occorrono.
Sapete consigliarmi un testo a cui fare riferimento?
Grazie per l'eventuale aiuto.
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analisi di linkage disequilibrium
