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Discussione

fedelab
Nuovo Arrivato

1 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2010 : 17:40:24

salve avrei bisogno del vostro aiuto.
Devo costruire primer per effettuare una Real time per studiare l'espressione del gene ADH1 di Saccaromyces cerevisiae localizzato sul cromosoma 15.mi potreste mandare il codice del gene e la procedura dettagliata di costruzione dei primer il pi� presto possibile?
gtrazie per la disponibilit�
-federica-

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 18 marzo 2010 : 19:13:03

Credo che il gene a cui ti riferisci sia questo:
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/854068

Prendine la sequenza fasta o l'id, incollala su primer-blast, ed eventualmente tra le opzioni in basso scegli 'saccharomyces cerevisiae' e 'Genome (reference assembly from selected organism)'

Non so molto di disegno di primers, ma per i consigli generali puoi dare una occhiata a questo topic:
- http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=1655

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 19 marzo 2010 : 10:34:04

Ti consiglio oltre a quella che ti ha linkato dallolio che � in generale per il disegno dei primers di cercare anche altre discussioni sul disegno di primers e real-time, ad es. questa:
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=3870
ma ce ne sono molte altre, prova a spulciarle un po', troverai varie informazioni che ti possono essere utili.

Primer Blast va benissimo per il disegno dei primers, ma oltre le selezioni che ti ha suggerito dallolio ti consiglio ti selezionare la casella:
Exon junction span: Primer must span an exon-exon junction
in questo modo i primers si attaccheranno solo su cDNA e non su DNA genomico.
Altro consiglio � di non fare un amplificato troppo grande, tra i 100-200bp � di solito l'ideale.