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 rendere più leggibile un biplot in R [era: modifica grafico in R]
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msss_barbara
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Inserito il - 25 marzo 2010 : 12:52:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di msss_barbara Invia a msss_barbara un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve!
Qualcuno sa come è possibile modificare in R dei grafici (il mio è un biplot)?

Grazie

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 25 marzo 2010 : 15:44:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Non capisco la domanda... cosa intendi per modificare? Mi puoi fare un esempio pratico?



potresti diminuire la dimensione dei numeri usando cex.

Ad es:

biplot(mydata, cex=0.5)

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msss_barbara
Nuovo Arrivato



15 Messaggi

Inserito il - 25 marzo 2010 : 15:50:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di msss_barbara Invia a msss_barbara un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ho troppe variabili nel grafico (biplot)..dovrei dare una "pulitina" per poterlo leggere bene..
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msss_barbara
Nuovo Arrivato



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Inserito il - 25 marzo 2010 : 16:13:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di msss_barbara Invia a msss_barbara un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
diciamo che va un pò meglio usando "cex"..
purtroppo attenua leggermente la nuvola di variabili presenti nel grafico..vorrei capire cosa è contenuto all'interno...
non sai se c'è qualche altro metodo?...magari copiando in un altro programma?
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


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Inserito il - 25 marzo 2010 : 16:44:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
accidenti, ho splittato le due discussioni, ma l'ho fatto male, ho tolto un messaggio di chick che andava qui... ho aggiustato alla meno peggio.

Ci puoi spiegare più o meno che tipo di dati vuoi rappresentare?
Esistono diverse soluzioni per l'overplotting... la peggiore é utilizzare un simbolo per ogni punto (con una legenda a parte), in alternativa puoi provare con dei colori diversi per raggruppare dati simili, o dei facets se i tuoi dati sono raggruppabili in base a qualche variabile.
Una soluzione semplice sarebbe aumentare le dimensioni del plot

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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msss_barbara
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Inserito il - 25 marzo 2010 : 18:47:58  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di msss_barbara Invia a msss_barbara un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sto effettuando un'analisi delle corrispondene multiple a delle domande relative ad un questionario. Analizzando il biplot come ho già detto, viene fuori una nuvola di variabili.
E' la prima volta che provo a fare un tipo di analisi delle corrispondenze con R, generalmente con altri programmi (tipo XLSTAT) elimino le coordinate dall'output, e si eliminano a loro volta anche le variabili.
Ho provato anche ad allargare il grafico per avere una visione più chiara e a diminuire la dimensione dei numeri usando cex come mi è stato detto da chick80, ma non ho avuto un gran miglioramento.
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 25 marzo 2010 : 19:50:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Beh, potresti cominciare a mettere in grafico solo dei subset dei dati, oppure rappresentarli in altra maniera: perchè proprio un biplot?

Citazione:
generalmente con altri programmi (tipo XLSTAT) elimino le coordinate dall'output

In che senso???

Purtroppo non avendo mai fatto analisi delle corrispondene multiple non sono sicurissimo di quello che vuoi mostrare...

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msss_barbara
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Inserito il - 25 marzo 2010 : 20:06:45  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di msss_barbara Invia a msss_barbara un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
In pratica..devo verificare l'associazione tra le variabili a disposizione.
Il mio problema è che le variabili sono letteralmente "ammassate" tra di loro nel grafico, esternando una sorta di "nuvola nera" di variabili illegibili.
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msss_barbara
Nuovo Arrivato



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Inserito il - 25 marzo 2010 : 20:08:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di msss_barbara Invia a msss_barbara un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Perché per alcuni motivi...devo fare l'analisi necessariamente con il biplot :(
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 26 marzo 2010 : 09:59:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
un momento, in generale per 'variabile' si intende una colonna, un insieme di valori nei tuoi dati. Quindi quello che si ammassa nel tuo biplot non sono le variabili, ma i dati. E' corretto?

E' strano che tu possa avere tante variabili nei risultati di tests a risposte multiple. E se provi a dividere l'analisi per domande, ovvero facendo un plot per ogni domanda? Per esempio, guarda questo plot fatto con lattice, hanno diviso l'analisi in due categorie a seconda del valore della variabile 'Tipo':
- http://www.cs.ucl.ac.uk/staff/ucacdjw/Interests/Topics/biplot.html

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msss_barbara
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Inserito il - 26 marzo 2010 : 11:57:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di msss_barbara Invia a msss_barbara un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie mille per la disponibilità dallolio_gm.
Le variabili come hai accennato corrispondono alle domande, e ciò che vedo nel grafico sono dati.
In realtà ho già diviso le "colonne" in base ad un criterio: considero un gruppo come "attive" ed un altro come "supplementari", in più non ho considerato altre variabili che mi sembravano poco interessanti. Ora devo verificare se esiste una corrispondenza tra le attive e le supplementari.
Considerarle separatamente mi porterebbe ad analizzare troppi grafici, mentre dovrei vedere le informazioni contenute in uno solo.
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