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valia
Moderatore


Prov.: UK


1001 Messaggi
Inserito il - 08 luglio 2006 : 12:13:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di valia  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di valia Invia a valia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Chiedo aiuto per una questione un po' complessa: diciamo che ho un gene ampificato per PCR, che io mando a sequenziare diverse volte con piu' primer allo scopo di coprire l'intera sequenza.
Questa cosa viene fatta diverse volte, a partire da diversi DNA. Fatto sta che alla fine mi ritrovero' con 240 sequenze!

Esiste per caso un programma che mi permetta di allinearle tutte?
Altrimenti potrei metterci decenni a confrontarle a mano o con clustal.. e io mi vorrei laureare ad ottobre

Grazie infinite!

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 11 luglio 2006 : 11:44:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Devi creare un profilo (una matrice PSSM o una HMM) delle tue sequenze e poi fare l'allineamento su quello come query.
Io te lo saprei fare in bioperl o con blast da riga di comando (non sono troppo diffilici da imparare, queste cose), pero' adesso vedo se trovo qualche interfaccia su web.
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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valia
Moderatore


Prov.: UK


1001 Messaggi
Inserito il - 14 luglio 2006 : 15:49:16  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di valia  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di valia Invia a valia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando


Se trovassi un'interfaccia web sarei molto molto contenta!

Grazie mille comunque!
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 30 agosto 2006 : 11:16:19  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Hai trovato?
Potresti usare questa interfaccia ad EMBOSS: http://emboss.bioinformatics.nl/

Ci sono dei tools per costruire dei profili HMM, tipo 'HMMBuild'
Secondo me se chiedi nella Mailing List di Emboss (http://emboss.sf.net) ti sapranno aiutare.
ciao!

p.s. mi raccomando, leggi la documentazione!! ;)
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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valia
Moderatore


Prov.: UK


1001 Messaggi
Inserito il - 30 agosto 2006 : 17:35:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di valia  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di valia Invia a valia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie.. ma alla fine ho fatto tutto a mano !!

E c'ho anche messo relativamente poco! In due pomeriggi me la sono cavata! Grazie comunque!!

Ciao ciao
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