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DIETIL.
Utente Junior
129 Messaggi |
 Inserito il - 21 aprile 2010 : 21:27:03
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ciao ho bisogno di nuovo di un aiuto....spero che nn rompo.................allora io ho questi quesiti:
1) Utilizzando 'matcher' (matrix file= EDNAMAT; gap opening penalty= 10; gap extension penalty= 10; numero di match alternativi= 5), quanti esoni identifichi nel cDNA della beta globina umana?
2) Con la stessa procedura di sopra, quanti esoni identifichi nel cDNA della globina beta di mouse?
3) Esegui l'allineamento globale dei due cDNA. Quanti esoni identifichi usando gap opening penalty= 1 e gap extension penalty= 1 ?
4) Quanti ne identifichi usando la coppia gap opening penalty= 20 e gap extension penalty= 20 ?
5) Quanti esoni con la coppia gap opening penalty= 30 e gap extension penalty= 1 ?
6) Quanti esoni con la coppia gap opening penalty= 1 e gap extension penalty= 30 ?
7) Descrivi brevemente le caratteristiche degli allineamenti ottenuti con le diverse coppie di parametri.
8) Quali sono secondo te i parametri che consentono di identificare correttamente gli esoni facendo il minor numero di errori?
dato che e passato un po ho dimenticato certe cose da quando ho fatto l esercitazione ed il mio problema e come faccio a capire quali sono gli esoni e poi nn ricordo che vuol dire gap opening penalty,gap extension penalty e numero di match alternativi..........e nella matrice quale e la differenza tra la windows(io so che considera gli allineamenti a 1nucleotide oppure a coppie di 2 e via scorrendo) e threshold
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittą: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 22 aprile 2010 : 09:59:59
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ho spostato la discussione: per favore un po' di attenzione al regolamento, non postate domande in un topic giį aperto.
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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DIETIL.
Utente Junior
129 Messaggi |
Inserito il - 22 aprile 2010 : 18:10:08
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| ok scusa...ma pensavo che andava bene in quella discussione perche sempre di allineamenti locali si parla ecco perche lo postato la... |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittą: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 23 aprile 2010 : 12:45:29
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a dire la veritį non capisco bene a quale software sia 'matcher', purtroppo di programmi per allineamento ce ne sono tanti...
Comunque secondo me, per questo esercizio non si tratta altro che utilizzare questo software (probabilmente se guardi negli appunti delle lezioni trovi il link) e descrivere i risultati.
Citazione:
dato che e passato un po ho dimenticato certe cose da quando ho fatto l esercitazione ed il mio problema e come faccio a capire quali sono gli esoni
probabilmente ti ritroverai con dei 'blocchi' di sequenze allineate. Pensa che stai allineando la sequenza di un cDNA (come un mRNA) alla sequenza di DNA da cui é stato trascritto.
Citazione:
e poi nn ricordo che vuol dire gap opening penalty,gap extension penalty e numero di match alternativi
gap opening penalty = penalitį per aprire un gap, ovvero una delezione/inserzione.
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DIETIL.
Utente Junior
129 Messaggi |
Inserito il - 26 aprile 2010 : 22:25:13
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| e water lo conosci.......comunque questi programmi danno dei dati da interpretare e questo che nn so fare...i programmi danno il punteggio(insieme ad una percentuale)di allineamento locale..insieme a percentuale di gaps -mach e mismach....e poi da l immagine dell allineamento delle 2 sequenze con raffigurato le posizioni di gaps mach e mismach.......quindi come faccio a leggere i risultati? |
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