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Cosmide
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
 Inserito il - 12 luglio 2006 : 17:04:34
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Prima di tutto salve a tutti  , spero di aver azzeccato il posto giusto per postare la mia domanda... lunedì ho l'esame di biotecnologie molecolari e ho un casino nel cervello da far paura... sono uno studente lavoratore e quindi mi sono cimentato nella preparazione dell'esame da solo e senza aver avuto modo di vedere le varie tecniche in laboratorio purtroppo  .... ho seguito qualche lezione ma le voragini nella mia preparazione restano e il tempo è veramente poco... spero di non annoiarvi o fare domande stupide... eccone alcune:
PCR: se non conosco la sequenza come faccio ad ottenere i primer giusti?
PCR COLONY SCREENING: mmmm non credo di averci capito molto...
PRIMER: Loro preparazione e individuazione per le varie tecniche.
Ecco alcune domande di precedenti esami che non ho molto chiare:
Differenza tra rflp e pcr-rflp?
Come isolare un gene che è candidato ad essere espresso differenzialmente dopo trattamento e di cui non abbiamo info in banca dati?
 mi rendo conto che praticamente le risposte sono lunghe e complicate... ma se riusciste a trovare qualcosa dove trovare schemi, informazioni o altro... bè ve ne sarei grato... devo passare questo esame per prepararne un altro al volo... grazie per l'aiuto! 
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 13 luglio 2006 : 06:13:19
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Citazione:
PCR: se non conosco la sequenza come faccio ad ottenere i primer giusti?
Dipende molto da quello che devi fare... si possono usare primer random, clonare il tuo frammento in un plasmide e usare primer sulla sequenza del plasmide etc.
Citazione:
PCR COLONY SCREENING: mmmm non credo di averci capito molto...
Dai un'occhiata qui
Citazione:
PRIMER: Loro preparazione e individuazione per le varie tecniche.
Questo topic potrebbe esserti di aiuto.
Citazione:
Differenza tra rflp e pcr-rflp?
Più che altro una sottilissima questione di terminologia...
RFLP (restriction fragment length polymorphism) indica la caratteristica di sequenze di DNA differenti per cui se vengono digerite con lo stesso enzima e i frammenti fatti correre su gel, danno pattern diversi. La RFLP-PCR è la tecnica con cui vedi questo fenomeno. (cioè, prendi il DNA, fai una PCR, digerisci con l'enzima e fai correre su gel).
Citazione:
Come isolare un gene che è candidato ad essere espresso differenzialmente dopo trattamento e di cui non abbiamo info in banca dati?
In che senso? Se hai un gene candidato allora avrai anche informazioni su questo gene no? |
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Cosmide
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
Inserito il - 13 luglio 2006 : 10:58:24
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Prima di tutto grazie per avermi risposto e per il tempo che mi hai dedicato 
Ok, dunque per i primer, ho postato la domanda anche sul forum di bioinformatica ma nessuno mi ha risp.. credo che il mio prof voglia sapere in che caso usare il programma oligo per ottenere dati per i primer... anche perchè a parte i randomi primer e i primer del mio vettore se non conosco la sequenza non posso usare altri metodi giusto?
Colony PCR: ok credo di esserci... faccio l'inserto e poi prelievo il mio vettore dalle colonie positive (quelle che crescono nel terreno con l'antibiotico) faccio la pcr (utilizzo i border primer) e elettroforesi. Dall'analisi del pattern vedo se ha l'inserto o no.Giusto?
Per la domanda sul gene candidato: credo che voglia sapere come faccio ad isolare un gene non presente in banca dati per un determinato organismo, che produce una particolare proteina o altro dopo trattamento.
La mia ipotetica risposta sarebbe quella di isolare gli mRNA espressi dopo il trattamento, tecnica del cdna sottrattivo, ottenuti gli mrna cercare mediante blast sequenza in altri organismi che esprimono una proteina simile, fare dei primer sul modello dei geni trovati, PCR e poi ibridare il mio cdna marcato con il DNA dell'organismo che sto studiando (Southern Blot)a bassa stringenza in questo modo dovrei ottenere (teoricamente) le info che mi servono per identificare il gene espresso. E' fantascienza o ci sono?
Chick80 ti ringrazio in anticipo per la pazienza e mi scuso se ho scritto qualche eresia concettuale  . |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 14 luglio 2006 : 02:02:11
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Per oligo non ti so proprio aiutare, ho sempre usato Primer3, ma comunque se non sai la sequenza c'è proprio poco da fare...
La colony PCR è esattamente quello che dici tu :)
Sulla terza domanda invece non saprei... diciamo che la tua ipotesi sembra ragionevole, ma conta che una cosa del genere non si fa in una settimana... ci possono volere anni! |
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