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terreno85
Utente Junior
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 Inserito il - 23 aprile 2010 : 13:15:20
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ciao ho un problema a capire un articolo in particolare :
Results
TFIID and SAGA Each Contribute to the Expression of Nearly All Genes
To determine the genome-wide dependency on TFIID and SAGA, two sets of six isogenic strains were constructed in either taf1¦¤ gcn5¦¤ or taf1¦¤ spt3¦¤ strains, with both sets carrying either TAF1 or taf1ts2 on a plasmid. The taf1¦¤ gcn5¦¤ set also contained either GCN5, gcn5hat (possessing the KQL HAT mutation), or an empty vector (Supplemental Table S1). The taf1¦¤ spt3¦¤ set contained either SPT3, spt3E240K (spt3-401),
Ma cosa sono taf1¦¤ spt3¦¤, cio¨¨ a che servono i trinagolini ????
potete spiegarmi cosa vogliono dire
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Una teoria può esserre provata da un esperimento. Ma nessun percorso guida dall'esperimento alla nascita di una teoria |
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terreno85
Utente Junior
235 Messaggi |
Inserito il - 23 aprile 2010 : 13:16:55
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| non so perche cmq appena ho inserito la domanda al posto di un triangolino c'era qst ¦¤..........boh non ci sto capendo piu nulla |
Una teoria può esserre provata da un esperimento. Ma nessun percorso guida dall'esperimento alla nascita di una teoria |
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angemore
Nuovo Arrivato
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SpemannOrganizer
Utente
Città: Los Angeles
955 Messaggi |
Inserito il - 23 aprile 2010 : 19:21:34
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| Se si tratta di delta sta quasi sicuramente a significare che il il gene manca di una porzione codificante per un dominio della relativa proteina. Questo pertanto genera una proteina non funzionale o, se vogliamo usare il termine tecnico,una "loss of function" della proteina stessa (spesso inoltre queste proteine si comportano da dominanti negativi). Non sapendo che articolo è non posso essere sicuro al 100% |
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terreno85
Utente Junior
235 Messaggi |
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SpemannOrganizer
Utente
Città: Los Angeles
955 Messaggi |
Inserito il - 24 aprile 2010 : 20:06:11
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| cosa è in particolare che nn capisci? |
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terreno85
Utente Junior
235 Messaggi |
Inserito il - 24 aprile 2010 : 20:58:01
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Cioe l'articolo dice qst: le variazioni degli mRNA dipendenti dal ciclo cellulare sono coivolti in molti processi cellulari tra cui la trascrizione stessa la risposta a stimoli esterni e nella localizzazione sub cellulare delle proteine. Tutti gli eucarioti sono soggetti a qst variazioni durante il ciclo cellulare e che tutti i fenomeni biologici correlati a qst variazione sono dipendenti dal mantenimento di qst periodicità. Visto che S. cerevisiae è stato completamente sequenziato è possibili quantificare mediant microarray i livelli di mRNA trascritto per ogni gene di lievito. IN qst studio infatti sono utilizzati oligonucleotidi (DNA) che sono stati sintetizzati sull'array senza PCR o altre manipolazioni in modo da estrarre gli mRNA di cellule precedentemente sincronizzate, convertirli a cDNA, marcali e utilizzarli per l'ìbridazione con gli oligonucleotidi sull'array. Ci dice che per fare qst sono state usate cellule mutanti temperatura sensibile cdc28-13 che sono state arrestate alla fase G1 mediante aumento della T a 37°C, Qst cellule sono raccole successivamente a 17 intervalli di 10 minuti, coprendo quasi due interi cicli cellulari. Dice che le cellule mostrano sincronia per oltre il 95% come è possibile vedere nella figura 1 dalla posizione della gemma e dalla posizione del nucleo (QST PUNTO MI è POCO CHIARO),poi dice che le cellle sono state sincronizzate in un altro punto, in G2, usando cellule mutanti cdc15-2. E tutti i trascritti ricavati dai due time course sono stati comparati e sembra che non sino molto differenti. Complessivamente piu dell'85% delle variazioni osservate in cdc28-13 erano differenti da quelle osservate nel time course cdc15-2. POi dice che siccome le cellule cdc28-13 mostrano un maggior grado di sincronia sono piu suscettibili a piccole variazioni di mRNA rispetto alle cdc15-2. IL CONFRONTO GRAFICO é SUL SITO http://genomics.stanford.edu (ENTRO NEL SITO E NON C'è NESSUN GRAFICO AIUTATEMI). Poi segue dicendo che alcune variazione di trascrizione in realtà potrebbero derivare anche dal passaggio della temperatura da restrittiva (37°C) a permissiva (25°C) e per ridurre l'effetto indotto dalla temperatura, ovviamente non correlati con la progressione del ciclo cellulare, dice di analizzare i trascritti 40 minuti dopo il passaggio alla temperatura permissiva e quindi l'entrata in G1.
I 1348 geni la cui variazione del livello di mRNA normalizzata (non so se tradotto bene: normalized mRNA level change) per piu di 2 volte (two-fold) durante qst porzione del time course è stata analizzata sia in cellule cdc28-13 sia in cellule cdc15-2 e 416 geni identificati mostrano una consistente variazione del livello di trascrizione (TABELLA 1, FIGURA 3 VI PrEgGO SPIEGATEMI QST DUE GRAFICI).
Sfortunatamente ora devo andare a lavoro, cmq domani aggiungo la parte restante dell'articolo e le mie perplessita.... vi ringrazio in anticipo |
Una teoria può esserre provata da un esperimento. Ma nessun percorso guida dall'esperimento alla nascita di una teoria |
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terreno85
Utente Junior
235 Messaggi |
Inserito il - 24 aprile 2010 : 21:09:55
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Pensandoci bene i due grafici figura 1 rappresentano la sincronia delle cellule misurata in termini di dimensioni della gemma e l'altro in termini della posizione nucleare, quindi in sintesi è solo un modo tecnico per dire che le cellule sono in sincronia?? nella figura 3 poi mi fa vedere le variazioni osservate per i 416 geni di cui parlavo su e dice infatti che la piu grande cambiamento osservato sia per i geni CLN1 e RNR1 (la CLN1 dovrebbe essere una ciclina per quello che so ma RNR1 non saprei)e qst risultati sono in accordo con i risultati precedentemente publicati. continua dicendo che la localizzazione dei geni trascritti periodicamente non è stata precedentemente osservata in nessun particolare cromosoma e ogni cromosoma contiene almeno un gene regolato dal ciclo cellulare e di nuovo la banca dati contenente la lista di qst geni puo essere trovata sul sito di prima ( QST L'HO TROVATA MA NON é MOLTO CHIARA :( )
Continuo domani grazie a tutti in anticipo |
Una teoria può esserre provata da un esperimento. Ma nessun percorso guida dall'esperimento alla nascita di una teoria |
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terreno85
Utente Junior
235 Messaggi |
Inserito il - 25 aprile 2010 : 19:50:56
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| Ragazzi mi aiutate a capire l'artiolo per cortesia, la figura 4 non riesco ad interpretarla |
Una teoria può esserre provata da un esperimento. Ma nessun percorso guida dall'esperimento alla nascita di una teoria |
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SpemannOrganizer
Utente
Città: Los Angeles
955 Messaggi |
Inserito il - 25 aprile 2010 : 22:48:35
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| Ciao terreno, stavo guardando ora la figura 4 del lavoro che hai postato. Sinceramente il paper nn me lo sono letto, ho cercato di interpretare la figura 4: da quello che ho capito sono grafici che riportano i valori medi di espressione di particolari geni (quindi i valori medi dei livelli di particolari mRNA) nel tempo. Alcuni aumentano in fase G1 e diminuiscono in fase S,come i geni che entrano in azione poco prima della sintesi del DNA. Non mi sembra troppo complicato, sforzati un pò e son sicuro che ce la farai ;) |
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terreno85
Utente Junior
235 Messaggi |
Inserito il - 26 aprile 2010 : 23:25:01
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| a qst c'ero arrivato anche io, il problema è che le variazioni sono correlate a variazioni di sequenze regolatrici a monte... è li che si incasina un bel pò.. |
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terreno85
Utente Junior
235 Messaggi |
Inserito il - 04 maggio 2010 : 23:37:01
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nessuno è in grado di autarmi a capire le figure sull'articolo postato? |
Una teoria può esserre provata da un esperimento. Ma nessun percorso guida dall'esperimento alla nascita di una teoria |
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giamma81
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 16 maggio 2010 : 22:54:49
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| Vorrei sapere qualche libro sulle tecniche di microarray. grazie |
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