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zerhos
Utente Junior

ZERHOS
Prov.: Pisa
Città: Pisa


421 Messaggi

Inserito il - 25 aprile 2010 : 23:42:34  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di zerhos  Invia a zerhos un messaggio ICQ Invia a zerhos un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
premetto che non sono affatto ferrato in bioinformatica(grande pecca!)
la questione è la seguente:
sto analizzando una famiglia di geni, di questi ho lavorato solo su una loro piccola porzione.Ora mi serve conoscere esattamente tutta la loro sequenza genomica.
Il genoma dell animale in questione è disponibile,così io vorrei prendere il contig da cui provengono le mie sequenze,localizzare la loro posizione in esso e muovermi più al monte e più a valle e analizzare le sequenze tramite gene-scan.
ho provato un pò,ma nn ho ottenuto grandi risultati,nulla di significativo,inoltre non riesco a visualizzare i contig continui a quello di interesse per allargare la mia ricerca.
secondo voi è un approccio sbagliato?
ci sn tool migliori e più indicati di gene scan?
grazie a tutti per le eventuali risposte.

"l'unica differenza tra me e un pazzo è che io non sono pazzo!"
Salvador.Dalì

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 26 aprile 2010 : 00:28:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Perché vuoi lavorare sui contig e non sul genoma già assemblato? Il genoma del tuo organismo é stato sequenziato ma non é ancora stato assemblato? Non ti conviene aspettare che qualcuno lo faccia e lo pubblichi da qualche parte?

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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