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jmarc
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Inserito il - 16 luglio 2006 : 10:36:47

Ciao a tutti,

Voglio analizzare delle sequenze in cui penso ci possa essere della selezione positiva usando PAML. Ho piu' di 100 sequenze e mi e' stato consigliato di usare MrBayes per creare l'albero filogenetico.

Ho un paio di domande:

1) Ho letto che PAML considera le indels nell'allineamento nucleotidico come caratteri ambigui e che e' meglio togliere tutte le posizioni dove le indels sono presenti o lasciare solo quelle dove quasi tutte le sequenze hanno dati.

Per questo ho usato in PAML:

cleandata = 1 *remove sites with ambiguity data (1:YES, 0:no)

Per l'albero filogenetico (MrBayes) volevo convertire le indels in linguaggio binario e usarle come una "separate binary data partition" per sfruttare al massimo l'informazione filogenetica dei miei dati.

Vorrei sapere se usuare questo albero in PAML potrebbe essere un problema dato che alcune delle posizioni usate in MrBayes non saranno usate da PAML.

2)Posso usare le branch lengths ottenute in MrBayes e usare:

* fix_blength = 2 * 0: ignore, -1: random, 1: initial, 2: fixed

in PAML o e' meglio usare:

fix_blength = 1?

Gracie mille a chi risponder�!!!

Marco