Salve, ho un dubbio sulla tecnica del western blot. Se lo scopo del Western blot è identificare la mia proteina di interesse tramite un anticorpo, come fa l'anticorpo a legarsi alla proteina se questa è stata denaturata dall'ellettroforesi SDS-PAGE? Non bisognerebbe fare una elettroforesi NON denaturante per conservare la struttura della proteina e quindi gli eventuali epitopi riconusciuti dall'anticorpo e formati dal ripiegamento della catena di amminoacidi?
In genere la porzione riconosciuta dall'anticorpo è relativamente piccola e costituita da amminoacidi contigui e quindi la denaturazione non influisce più di tanto. A volte però l'anticorpo riconosce un particolare folding della proteina, magari costituito da porzioni e quindi amminoacidi relativamente distanti nella sequenza primaria, ma che si trovano vicini dopo il ripiegamento. In questi casi si fa una elettroforesi in condizioni non denaturanti come tu stesso suggerivi
ah ok allora è indifferente fare una o l'altra, ma si fa di solito quella denaturante per dividere meglio le proteine per il proprio peso molecolare, giusto?