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moky.berta
Nuovo Arrivato
Prov.: Firenze
Città: Firenze
4 Messaggi |
 Inserito il - 18 luglio 2006 : 12:31:28
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Ciao a tutti,
è la mia prima visita su questo forum....
avrei bisogno urgentemente di un aiuto!!!!
Sto facendo un dottorato di ricerca in genetica agraria ed in particolare sto studiando lo stress idrico in Pioppo. Ho fatto esperimenti di microarray utilizzando per la scansione dei vetrini lo scanner della Perkin Elmer "ScanArray Gx". Dovrei effettuare l'analisi statistica dei dati utilizzando l'ambiente R, ma ho difficoltà ad importare i miei files .gpr.
Se qualcuno avesse dimestichezza con R, sarei molto riconoscente se volesse darmi una mano. Ho letto tantissim manuali, ma non riesco a risolvere il mio problema.
Grazie a tutti.
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Monica |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 18 luglio 2006 : 15:48:55
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ok, ma dovresti aprire il topic facendo una domanda precisa!
Qual e' il problema esattamente (io non sono espertissimo di R)? Mi sembra che ci siano tanti moduli per i Microarray. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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moky.berta
Nuovo Arrivato
Prov.: Firenze
Città: Firenze
4 Messaggi |
Inserito il - 18 luglio 2006 : 16:10:13
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ciao dallolio_gm,
è vero, con R ci sono tanti packages che si possono usare, ed in particolare per i microarray ci sono il "limma" e il "marray". Il mio problema è che non riesco ad importare in R i files generati dallo scanner in formato .gpr. I manuali a disposizione fanno riferimento ad altri scanner, con relativi software: ho infatti provato ad importare files del genepix (sempre in formato .gpr) e non ho problemi.
So perciò quali sono i comandi che devo dare, ma non so quali modifiche devo fare affinchè vengano riconosciuti i miei dati. |
Monica |
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bluevil
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 18 luglio 2006 : 22:27:03
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| Oppure in questi casi la cosa migliore è mandare un'e-mail al servizio tecnico di perkin elmer o chi per essi (insomma, scrivi a chi vi ha venduto lo scanner) |
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moky.berta
Nuovo Arrivato
Prov.: Firenze
Città: Firenze
4 Messaggi |
Inserito il - 19 luglio 2006 : 11:21:11
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ciao bluevil,
avevo già provato a vedere su bioconductor, ma purtroppo senza successo....
grazie comunque |
Monica |
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moky.berta
Nuovo Arrivato
Prov.: Firenze
Città: Firenze
4 Messaggi |
Inserito il - 19 luglio 2006 : 11:23:24
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| ciao chick80, ho già contattato la perkin elmer: loro personalmente non si intendono di R, ma stanno tentando di contattare qualcuno, anche all'estero che ha questo scanner e lavora con R. Per ora niente news: sono tutti in ferie!!!! |
Monica |
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