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kORdA
Utente Attivo

newkORdA
Prov.: Milano
Cittā: Monza


1303 Messaggi
Inserito il - 21 maggio 2010 : 11:44:43  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Conoscete un tool che, dato in input una lista di GO terms, riesca a produrre un sottografo DAG che connetta tutti i termini?

L'ideale sarebbe se producesse un file in formato SIF da importare successivamente con CytoScape.

grazie...
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 21 maggio 2010 : 12:14:40  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Cos'č un sottografo DAG? In che modo i GO terms dovrebbero essere connessi? In base alla loro relazione su GO, per esempio, 'Integral to the ER membrane' collegato a 'ER membrane'? Oppure vuoi relazionare i geni che corrispondono a questi termini?
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Cittā: Monza


1303 Messaggi
Inserito il - 21 maggio 2010 : 14:52:05  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Partendo dal fatto che la mia lista di termini GO appartiene alla stessa sub-ontologia (BP, CC o MF) cercavo qualcosa che mi costruisse un grafo con connessioni del tipo "is_a" e/o "part_of" in modo tale che tutti i termini tra loro fossero interconnessi ed, eventualmente, aggiungere ulteriori nodi se non esiste un percorso diretto tra un termine GO ed un altro qualsiasi della mia lista.

Per questo parlavo di sottografo DAG (Directed Acyclic Graph): non mi interessa tutto il grafo inerente i termini che fanno riferimento a "Biological Process", ad es., ma solo la minima porzione in grado di interconnettere i GO terms della mia lista.
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Cittā: Monza


1303 Messaggi
Inserito il - 28 maggio 2010 : 09:42:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Per la serie fatti la domanda e datti la risposta

Posto qui la soluzione che ho trovato, spero possa tornare utile anche ad altri. Ho trovato un insieme di moduli in Perl raggruppati sotto il paccone chiamato go-perl (http://search.cpan.org/~cmungall/go-perl-0.11/).

In particolare c'e' uno scriptino di esempio che risponde precisamente al quesito. Lo trovate qui http://search.cpan.org/~cmungall/go-perl-0.11/scripts/go-filter-subset.pl
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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