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qxc
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
 Inserito il - 30 maggio 2010 : 17:47:52
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Salve a tutti
Utilizzando Bioedit per l'analisi della composizione delle sequenze nucleotidiche(DNA mitocondriale) , con grande sorpresa ho notato che oltre alle basi azotate (AGCT cioè adenina,guanina,citosina e timina)
sono presenti altri simboli quali :
R,Y,N.
Riporto le composizioni ottenute tramite Bioedit :
DNA molecule: gi|121592288|gb|EF196661.1| Ursus thibetanus mitochondrion, complete genome
Length = 16795 base pairs
Molecular Weight = 5132662,00 Daltons, single stranded
Molecular Weight = 10183877,00 Daltons, double stranded
G+C content = 40,95%
A+T content = 59,05%
Nucleotide Number Mol%
A 5234 31,16
C 4284 25,51
G 2593 15,44
T 4683 27,88
R 1 0,01
DNA molecule: gi|159524410|ref|NC_009969.1| Tremarctos ornatus mitochondrion, complete genome
Length = 16766 base pairs
Molecular Weight = 5127267,00 Daltons, single stranded
Molecular Weight = 10167472,00 Daltons, double stranded
G+C content = 41,35%
A+T content = 58,62%
Nucleotide Number Mol%
A 5246 31,29
C 4348 25,93
G 2585 15,42
T 4583 27,34
Y 1 0,01
N 3 0,02
Mi spiegate cortesemente cosa stanno ad indicare i simboli R,Y,N ?
Il DNA mitocondriale non dovrebbe essere costituito solo dai residui AGCT ?
Grazie molte .
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 30 maggio 2010 : 19:18:50
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Posto che non so nulla di bioinformatica, da biologia molecolare so che:
Y ---> pirimidina
R ---> purina
N ---> A o T o G o C |
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qxc
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
Inserito il - 30 maggio 2010 : 19:56:33
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grazie.. ma i miei dubbi rimangono.
Il dna mitocondriale allora puo' comprendere anche pirimidina e purina oltre che alle 4 basi azotate?
Hai per caso un link , dove possa delucidarmi?
Esiste un elenco delle codifiche utilizzate in biologia?
Non so nulla di biologia molecolare ..grazie ancora |
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0barra1
Utente Senior
Città: Paris, VIIème arrondissement
3847 Messaggi |
Inserito il - 30 maggio 2010 : 21:08:26
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A e G sono purine. Quando si usa la lettera R all'interno di una sequenza si indica che quel nucleotide può essere A o G, per esempio perché non si è riusciti a determinare la sua esatta natura. T e C sono pirimidine, stesso discorso. Insomma, non è che sono nucleotidi diversi
dal normale. ;)
Per i link, purtroppo ho citato a memoria, non ne ho sottomano |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 31 maggio 2010 : 12:38:46
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Esatto, in questi casi bisogna fare riferimento al Codice IUPAC:
- http://www.bioinformatics.org/sms2/iupac.html |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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qxc
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
Inserito il - 02 giugno 2010 : 22:13:43
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| Grazie infinite a tutti per le vostre risposte..Ottimo forum! |
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