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eritema
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 Inserito il - 08 giugno 2010 : 11:58:04
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Ciao a tutti ,
questo è il mio primo post e riguarda l'analisi di primo livello di un esperimento con chip affimetrix
Mi sono arrivati alcuni .cel files da analizzare ma ad una prima passata di verifica mi sembra che l'esperimento "bagnato" sia venuto un po' malino..qualcuno con esperienza sperimentale può dirmi come gli sembrano le immagini crude ottenute dai chip (ne allego 4 come esempio ma sono + o - tutte così)?
Nelle immagini secondo me vi sono diversi artefatti tra cui i due principali sono:
1)Zone di vetrino con sbavature (sali?).
2)I segnali sul chip non sono uniformi ma sono a "bande" ben definite
che percorrono verticalmente i chip.
Boh, alla fine dell'analisi non emerge neanche un gene differenzialmente espresso (uso i package di R: affy e samr)...
Grazie ;)
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Qualità array affy da immagini scanner
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