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kk74
Nuovo Arrivato
23 Messaggi |
 Inserito il - 10 giugno 2010 : 07:58:30
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Ciao a tutti, ho effettuto un'analisi densitometrica con imagej delle seguenti bande ottenute per RT-PCR:
1)10.61
2)9.41
3)12.17
4)10.83
Se confronto 1) con 2) e 3) con 4), posso dire che c'è downregolazione o i valori sono simili?
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 10 giugno 2010 : 08:35:00
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| Non puoi fare un confronto con un solo esperimento... ripetilo almeno 3 volte e poi potrai fare un'analisi statistica. |
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kk74
Nuovo Arrivato
23 Messaggi |
Inserito il - 10 giugno 2010 : 10:24:29
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se questi valori fossero già le medie di tre o più esperimenti,fino a che punto posso considerare la differenza di espressione tra due campioni? in pratica una differenza densitometrica di 1 oppure di 2 (sono solo esempi)possono già essere un indice della differenza di espressione?non so se sono riuscita a spiegarmi.
ciao |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 10 giugno 2010 : 12:01:43
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Dipende dai valori. Solo con la media non si può dire, perchè dipende dalla variabilità dei risultati. E' proprio per questo che serve un test statistico.
Ti faccio un esempio pratico:
Prendiamo per semplicità solo i primi due gruppi con media 10.61 e 9.41
Se i valori fossero:
Gruppo 1: 10.5, 10.2, 11.1, 10.64
Gruppo 2: 9.0, 9.5, 8.9, 10.24
Facendo un t-test (consideriamo di aver tutte le condizioni necessarie per farlo) otteniamo un p value di 0.02
Se il nostro limite di significatività fosse 0.05 potremmo dunque dire che i due gruppi sono differenti
Tuttavia, se i valori fossero
Gruppo 1: 8, 12.4, 9.5, 12.54
Gruppo 2: 11, 10.5, 8, 8.14
Il t-test ci darebbe un p-value di 0.41, quindi non significativo.
Eppure le medie dei due gruppi sono le stesse nei due casi!
Ti consiglio di dare uno sguardo a queste dispense: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=1286
PS: se analizzi 4 gruppi il t-test non va più bene, devi probabilmente fare un'ANOVA
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 10 giugno 2010 : 12:57:37
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l'entità della differenza che ti permette di trarre conclusioni è un qualcosa che va stabilito a priori
la significatività statistica della differenza osservata è altra cosa!
in altri termini non è la significatività statistica che ti dice se due differenze sono importanti dal punto di vista biologico
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 10 giugno 2010 : 13:10:35
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Citazione:
non è la significatività statistica che ti dice se due differenze sono importanti dal punto di vista biologico
Ah, questo è ovvio, ma non sapendo quello che sta analizzando di preciso questo non lo possiamo dire.
Inoltre kk74 ricorda che la quantificazione di una RT-PCR classica è approssimativa, se vuoi dei dati veramente quantitativi devi fare una realtime. |
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kk74
Nuovo Arrivato
23 Messaggi |
Inserito il - 11 giugno 2010 : 06:39:03
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| grazie mille a tutti. siete stati molto chiari e precisi.Purtroppo non posso effettuare la real time perchè nel lab dove "lavoro" non è possibile. |
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analisi densitometrica
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