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Vanilla Sky
Utente Junior
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 Inserito il - 16 giugno 2010 : 17:53:37
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Salve a tutti!
Ieri all'esame di biologia molecolare (ho saputo ora che è andata bene!!) in una domanda mi si chiedeva di:
"Avendo ottenuto una sequenza di cDNA lungo 1000 paia di basi (è un gene sconosciuto, non presente in banca dati,di cui non si conosce un gene ancestrale)
1.come si può sapere se rappresenta tutta la sequenza dell'mRNA corrispondente
2.se non è completo quali strategie si possono utilizzare per completare la sequenza
3.Come ottenere la sequenza genomica
4.come stabilire quali sono esoni e introni della sequenza"
E' stata la domanda che mi ha preoccupato maggiormente..Vi illustro brevemente quello che ho scritto, e vi vorrei chiedere se è corretto, e se ci sono altre strategie da attuare, in quanto al momento della registrazione dell'esame il professore spesso fa domande in merito alle nostre risposte.
Per quanto riguarda il primo punto, ho messo che si potrebbe confrontare questa sequenza con le sequenze EST presenti nei database. Amplifico le sequenze terminali del cDNA e le utilizzo come sonda nel Northern Blot dell'mRNA.Se si appaiono con frammenti di trascritto non ancora sequenziati l'mRNA è più esteso di quello che ho.
Per il punto 2 ho pensato al metodo della RACE, e ne ho spiegato il funzionamento.
Per il punto 3 ho pensato al metodo Shotgun utilizzato da Venter per sequenziare il genoma umano, cioè di utilizzare una library genomica di cloni contenenti frammenti di sequenze che si sovrappongono (generando contig), ho spiegato come poter ricostruire passo passo la sequenza intera mediante il chromosome walking.(ho spiegato l'intero procedimento)
Per il punto 4, ho pensato di affidarmi a dei software come Expasy (tra l'altro non so come mai non mi sia venuto in mente GeneBank, comunque è giusto?), o nel caso in cui non se ne potesse disporre, dato che ho ottenuto la mia sequenza del mio gene, ho pensato di cercare manualmente tutti gli start codon ATG e i codoni di stop, in modo che quelle regioni inframezzate da quest'ultime sarebbero stati gli esoni, le rimanenti gli introni.
Vi ringrazio in anticipo!!!Perdonatemi per il poema...
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ottenere sequenza gene
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