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Bian Que
Nuovo Arrivato
99 Messaggi |
 Inserito il - 19 giugno 2010 : 11:03:15
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domanda abbastanza banale..ma sul gene non ho trovato nulla a proposito..
le sequenze alu hanno capacità codificante ?
perche' l' enzima alu taglia ogni 300 nucleotidi ?
grazie mille per la disponibilità
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Bian Que
Nuovo Arrivato
99 Messaggi |
Inserito il - 19 giugno 2010 : 20:47:25
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nessuno ? |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1915 Messaggi |
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Bian Que
Nuovo Arrivato
99 Messaggi |
Inserito il - 20 giugno 2010 : 00:37:19
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| Ho letto, non mi pare ci siano le risposte alle mie domande. |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1915 Messaggi |
Inserito il - 20 giugno 2010 : 01:56:14
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cerca SINE e LINE sul sito qualcosa dovresti trovarla
perche' l'enzima alu taglia ogni 300 nucleotidi, è sbagliato.
cmq ALU e' un enzima a taglio frequente e credo che sia normale. |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 20 giugno 2010 : 20:59:52
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Beh in realtà sulla pagina di Wikipedia le risposte un po' ci sono.
Riguardo la seconda domanda:
Citazione:
perche' l' enzima alu taglia ogni 300 nucleotidi ?
dove l'hai trovato scritto?
In realtà sono le sequenze Alu che sono lunghe 300 nucleotidi, come scritto appunto anche su Wikipedia:
Citazione:
Le sequenze Alu misurano in media circa 300 paia di basi e sono quindi classificate come short interspersed element (SINE).
ma l'enzima Alu taglia a livello di questa sequenza: AG^CT
come scritto anche in Wikipedia:
Citazione:
La seguente sequenza di DNA codifica per i 299 nucleotidi dell'RNA 7SL[3]:
gccgggcgcggtggcgcgtgcctgtagtcccagctactcgggaggctgAGGCTGgaGGATCGcttgAGTCCAggAGTTCTgggct gtagtgcgctatgccgatcgggtgtccgcactaagttcggcatcaatatggtgacctcccgggagcgggggaccaccaggttgcctaagga ggggtgaaccggcccaggtcggaaacggagcaggtcaaaactcccgtgctgatcagtagtgggatcgcgcctgtgaatagccactgcactc cagcctgggcaacatagcgagaccccgtctct
Le lettere maiuscole sono i siti esamerici funzionali di risposta all'acido retinoico[4] che si sovrappongono al promotore trascrizionale interno. Il sito in grassetto è quello riconosciuto dalla endonucleasi Alu; l'enzima taglia il segmento di DNA tra i residui di guanina e di citosina. Il nome di questo enzima deriva dall'Arthrobacter luteus l'organismo da cui è stato isolato inizialmente.
Per quanto riguarda la prima domanda in effetti è più complessa:
Citazione:
e sequenze alu hanno capacità codificante ?
Le sequenze Alu derivano dalla sequenza dall'RNA 7SL, ma ci sono delle variazioni rispetto alla sequenza da cui derivano.
Poi dipende anche da dove si trovano queste sequenze, a volte possono essere all'interno di altre sequenze codificanti.
Comunque su questo ci sono varie pubblicazioni, una che ti può chiarire un po' di idee è questa:
Alu sequences
Citazione:
6. Alu sequences are rare in protein-coding exons
Alu repeats are rarely present in protein-coding regions of mature mRNA and controversy has surrounded certain exons that appear to include Alu elements [41, 42, 43, 44]. Alu sequences contain many stop codons in both sense and antisense directions that would result in a truncated protein. One such example is a case of haemophilia B caused by introduction of an Alu-Ya5 element into a protein coding exon of the factor IX gene [45]. In the few functional mRNA moieties that contain a protein coding Alu sequence, the mRNA is often of low abundance compared to other splice variants of the same gene that lack theAlu cassette [46, 47]. For example, only about 10% of decay accelerating factor mRNA included a protein-coding Alu-Sc cassette [48]. The presence of Alu-J cassettes in some splice variants of biliary glycoprotein mRNA indicated a long-standing tolerance of protein coding Alu elements [49].
Citazione:
11. Alu sequences as substrates for RNA pol III-mediated transcripts
In addition to Alu sequences incorporated in RNA pol II transcripts as discussed earlier, a population of poorly understood RNA pol III transcripts exists which contain Alu sequences. Single stranded RNA Alu sequences occur in the cytoplasm of transformed and non-transformed human cell lines, and normal human tissues [64, 65, 66, 67]. Transport from the nucleus to the cytoplasm of these Alu transcripts and 7SL RNA is a competitive, facilitated process dependent upon the Alu sequence itself [68].
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giuse-lance
Nuovo Arrivato
1 Messaggi |
Inserito il - 22 giugno 2010 : 20:24:51
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Citazione:
Messaggio inserito da Bian Que
domanda abbastanza banale..ma sul gene non ho trovato nulla a proposito..
le sequenze alu hanno capacità codificante ?
perche' l' enzima alu taglia ogni 300 nucleotidi ?
grazie mille per la disponibilità
ciao...proprio oggi sto studiando questa tipologia di sequenze. allora innanzitutto non sono sequenze codificanti.. sono elementi mobili del genoma. sono presenti in circa 500000 copie nel dna e sono lunghe 300 bp. contengono una sequenza di 4 nt che è la sequenza di riconoscimento dell'enzima di restrizione ALU1, da cui il nome sequenze alu.
il numero di sequenze alu, tra l'altro è in continua crescita durante la vita..come mai tutto ciò?..non so se hai mai studiato il meccanismo di integrazione dei retrovirus nel genoma o se hai mai studiato gli elementi LTR ma il meccanismo è più o meno simile. in realtà le sequenze alu contengono un promotore interno alla sequenza che media la trascrizione in mRNA. il trascritto di RNA viene trasformato in una molecola di cDNA a doppio filamento attraverso l'azione di una trascrittasi inversa. a questo punto la sequenza a doppio filamento di cDNA (che è una copia esatta della prima sequenza alu) si integra di nuovo aspecificamente in un sito del genoma. una volta integrata la sequenza tutto il processo DNA-->mRNA-->ssDNA-->dsDNA ovvero cDNA di alu-->integrazione, si ripete..questo processo è definito EGOISTA perchè l'integrazione aspecifica potrebbe danneggiare la funzione di geni alterandone il frame di lettura.
La sequnza alu fa parte delle sequenze SINEs.
La sequenza di alu è omologa alla sequenza 7SL della particella ribonucleoproteica Signal Receptor Particel. Si ritiene che l'origine sia la stessa.
ogni sequenza alu contiente una sequenza ALU1 riconosciuta dall'enzima di restrizione ALU1, questa sequenza è AGCT. l'enzima taglia blunt fra G e C!quindi non è che taglia ogni 300 bp...capito? |
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Sequenza Alu
Didattica
