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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
 Inserito il - 09 agosto 2006 : 14:37:43
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Domanda per i (pochi) utenti di Agosto.. che immagino a stiano lavorando, o hanno esami a settembre, o come la sottoscritta hanno una tesi da scrivere  !!!
Anyway, c'è qualcuno che cnosca la differenza tra sostituzione conservativa e sem conservativa?
Per capirci, tra i simboli (.) e (:) sotto agli allineamenti con Clustal  ?
Grazie infinite!
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
 Inserito il - 10 agosto 2006 : 09:49:23
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per le sostituzioni conservative,si ha che quando vengono allineate 2 o piu' sequenze proteiche i programmi non si limitano ad appaiarle solo in base alle loro identità,ma considerano anche il fatto che degli aa possono esse simili,ad esempio,un acido aspartico e un acido glutammico, sono molto simili e nell evoluzione possono sostituirsi in proteine omologhe senza alterare il normale funzionamento della proteina,a questo punto i prgrammi scelgono di allineare piu' un aspartico con un glutammico che con una glicina che non centra niente e tracciano un punto (.),
PS:credo che anche Clustal usi questo sistema ma non ne sono certo
e non conosco la differenza tra le 2 sostituzioni,forse questo sito ti puo' aiutare,vedi dove c'e' scritto alignment display http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/ |
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 10 agosto 2006 : 14:31:28
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Grazie per l'aiuto.. ma ancora non trovo la definizione di SEMI conserved substitution  !!!! |
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me
Nuovo Arrivato
15 Messaggi |
Inserito il - 26 agosto 2006 : 15:38:11
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Ciao! 
Spero di rispondere alla tua domanda.
“semi conserved” e “conserved” non si riferiscono a un tipo di sostituzione amminoacidica, ma al tipo di sostituzione/conservazione osservata in una data posizione dell’allineamento.
Mi spiego: i simboli *, :, . indicano il tipo di conservazione osservato in quella colonna (quindi in quella posizione) dedotto in base all’allineamento delle sequenze che tu hai fornito al programma.
Quindi: se in una data posizione Clustal trova sempre quel dato aa, allora nella “consensus line”, sotto l’allineamento, troverai un “*”, se invece in una posizione si osservano delle sostituzioni amminoacidiche tali però da mantenere il carattere chimico- fisico di quel residuo, allora troverai un “:”, se invece le sostituzioni cui va incontro una posizione non sono tali da mantenere determinate proprietà nel 100% dei casi (e quindi quella colonna/posizione è più “debolmente conservata”), allora troverai un “.”
Da “Chenna R. et al., Nucl. Acids Res, 2003, 31(13):3497-500 Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs”:
“[…]The resulting multiple alignments can be displayed as either black and white or colour coded text.
[…]The colouring of residues takes place according to physicochemical criteria highlighting conserved positions in the sequences. A consensus line is also displayed below the alignment with the following symbols denoting the degree of conservation observed in each column: ‘*’ (identical residues in all sequences), ‘:’ (highly conserved column), ‘.’ (weakly conserved column).”
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ClustalW.. semi conserved substitutions??
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