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saro
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6 Messaggi

Inserito il - 29 giugno 2010 : 15:16:23

Salve ragazzi, per la tesi di informatica ho realizzato un programma in c che ricerca pattern in sequenze nucleotidiche e proteiche. La ricerca può essere effettuata tramite pattern esatti, approssimati (con k mismatch) e tramite espressioni regolari.
Vorrei effettuare dei test sul funzionamento del programma ricercando dei pattern funzionali. Ho letto che Prosite contiene molti pattern espressi tramite regex...ma non so in quale sequenze posso trovare questi pattern...qualcuno di voi mi sa dare un consiglio? Grazie per avermi ascoltato

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Città: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 29 giugno 2010 : 15:59:22

In ProSite dovresti poter reperire gli allineamenti multipli (in formato FASTA o CLUSTAL) da cui sono stati estrapolati i consensus pattern

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

saro
Nuovo Arrivato

6 Messaggi

Inserito il - 29 giugno 2010 : 19:20:02

Non so proprio come reperire le sequenze che effettuano il match se viene ricercato il pattern al loro interno...potreste spiegarmi come si fa? ho provato con prosite ma mi da altre sequenze..

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Città: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 30 giugno 2010 : 09:38:36

Ho provato un pattern d'esempio, questo nel caso specifico:

http://www.expasy.ch/cgi-bin/prosite-search-ac?PDOC00022

Nella sezione Technical section: troverai un link con una lista di entries ("Retrieve a list of all Swiss-Prot/TrEMBL entries..."), segui il link e troverai un elenco di collegamenti alle pagine UniProt collegate alle proteine che mattchano per il pattern; li troverai un sacco di info sulla sequenza e la sequenza stessa.

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

saro
Nuovo Arrivato

6 Messaggi

Inserito il - 30 giugno 2010 : 19:52:45

grazie mille :) ho visto ke si può anke confrontare un pattern con tutte le sequenze di un database..
volevo chiedere ancora. Qualcuno di questi pattern ha delle funzioni un pò più comprensibili (non so malattie..produzioni di qualcosa) a un informatico ke non sa nulla di chimica e biologia?

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Città: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 01 luglio 2010 : 09:10:19

Per questo potresti fare una ricerca per parole chiave su OMIM http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/.

Ritornando al mio esempio di prima prova ad inserire anche solo "fibronectin" nella casella di ricerca e gia' cosi troverai il mondo

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

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