SALVE RAGAZZI, tra un pò dovrò sostenere l'esame di bioinformatica e, la prof ci ha assegnato un esercizio da svolgere, per fortuna su alcuni punti sn sicura ,ma su altri ho dei dubbi. PER FAVORE QUALCUNO AVREBBE VOGLIA DI SVOLGERLO IN MODO DA CONFRONTARMI? RINGRAZIO ANTICIPATAMENTE CHI SARà GENTILISSIMO/A AD AIUTARMI:
Data la sequenza:
>seq1
YAGTAGTAGAAGATGATTTAAGATTGCACCATGATACAG
ATGATGTAACATACCAAGTCTATGAGGAACAAGCAGTAT
ATGAACCTCTAGAAAATGATGTAGGGATAGAAATCACAG
ACCCTGAGGATTTTGCCAATCCTGTAGAAGATTCACAGG
TAATTGTAGAAGAAGTAAGCATTTTTCCTGTGGAAGAAC
AGCAGGAAGTACCACCAGATACTTAAAGRCTTCAAAAAGA
A) Determinare la sequenza complementare nella corretta direzione di lettura.
Tradurre in modo opportuno per ottenere:
B) i primi 10 codoni del frame di lettura 6. Si indichino chiaramente i codoni e gli amminoacidi corrispondenti.
C) Quante proline sono presenti sul frame di lettura 3 ?
D) Quale e’ il frame di lettura con minor numero di stop codons?
Si consideri la sequenza in banca dati nucleotidica con accession number:
XP_001082726
Discutere dettagliatamente i dati osservati ed indicare almeno le seguenti informazioni:
E) di che sequenza si tratta?
F) A quale organismo appartiene la sequenza?
G) Indicare se si tratta di una sequenza del genoma ( ), di mRNA ( ), di una “coding sequence” ( ) di una proteina o di altro ( ).
H) Quanto e’ lunga la sequenza?
I) Quale e’ la lunghezza del tratto nucleotidico codificante la proteine, se presente.
J) Quale e’ la lunghezza della 3’ UTR, se presente.
K) Quale e’ la lunghezza della 5’ UTR, se presente.
Si analizzi la sequenza seq1 con almeno uno dei Programmi del Pacchetto BLAST discussi durante il corso. Giustificare la scelta del programma.
Si discutano dettagliatamente i risultati piu’ significativi secondo quanto imparato al corso.
In particolare si risponda almeno alle seguenti richieste:
O) si definiscano gli accession number di almeno 5 sequenze subject con allineamento significativo e score distinto. Discutere i dati mostrati
P) Si indichino per ciascuno dei 4 allineamenti la rispettiva lunghezza, il numero di identita’, similarita’ e gap (se possibile). Discutere i risultati mostrati
Q) si indichi l'expect value per ciascuno dei 4 allineamenti
P.S: I PUNTI O,P E Q, nn sn riuscita a svolgerli
esercitazione di bioinformatica
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Inserito il - 05 luglio 2010 : 11:58:13
