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Stockontrent
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2 Messaggi |
 Inserito il - 07 luglio 2010 : 19:45:10
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Salve colleghi. Qualcuno mi saprebbe spiegare a cosa serve trovare i motif su Meme ? A cosa serve sapere che più proteine condividono un motif, visto che il motif stesso è una sequenza di aminoacidi brevissima rispetto alle proteine ?
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 08 luglio 2010 : 09:57:20
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Non ho mai usato MEME ma ho visto un po' la sua homepage (http://meme.sdsc.edu)
La ricerca di pattern e' di fondamentale importanza nell'analisi di sequenze, sia nucleotidiche che peptidiche.
Nel caso di DNA serve per sapere ad esempio se piu' sequenze condividono elementi regolatori in cis e di, conseguenza, se la loro espressione e' modulata da un mediatore comune.
Nel caso di proteine potrebbe servire per sapere se piu' sequenze, tipicamente ortologhe o paraloghe, condividono dei pattern comuni che potrebbero esplicare funzioni comuni.
Non e' per nulla una questione banale o quantomeno irrilevante; tu dici che Citazione:
il motif stesso è una sequenza di aminoacidi brevissima rispetto alle proteine
e io ti potrei rispondere, per analogia, che il contenuto informativo di un genoma e' ridotto solo ad un piccola porzione, relativamente parlando. Altro esempio: la distrofina e' una proteina enorme di piu' di 3500 residui, ma l'elemento funzionale e' composto di un paio di alfa eliche. |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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Stockontrent
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
Inserito il - 08 luglio 2010 : 12:33:32
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| Mediante ScanProsite, è possibile controllare se una proteina contiene il pattern consenso che caratterizza un sito attivo, e che quindi conferisce una funzione enzimatica specifica alla proteina stessa. Ovviamente, tutte le proteine della stessa famiglia condivideranno questo pattern funzionale. E, allora, mi chiedo a cosa serva l'analisi in Meme se ScanProsite restituisce subito un risultato rilevante. In Meme, ottengo dei motif che sono distribuiti nella proteina, ma non so se sono strutturali o funzionali. Quando ottengo la lista di proteine che condividono un motif specifico della nostra proteina, non riesco a capire a cosa mi possa servire sapere questa cosa. L'unica cosa alla quale posso pensare e che se riscontro una proteina che condivida tutti i motif, allora questa è molto simile alla quella che sto analizzando. Ma alle proteine simili a quella che sto analizzando posso arrivare semplicemente e direttamente mediante Uniprot. Insomma, mi sfugge ancora l'utilità di trovare i motif con Meme, eppure mi viene richiesta questa analisi in un test di biologia computazionale. |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 08 luglio 2010 : 12:52:19
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Puo' essere questione di gusti o di mode. Uno ti potrebbe chiedere anche perche' usi ScanProsite invece MEME? Perche' useresti ClustalW invece di Tcoffee? Perche' useresti Modeller invece di SwissModel?
Magari si tratta di finezze che un'altro programma non ti offre, o semplicemente fitta meglio a quello che stai cercando. Io non ho mai usato MEME ma gia' il fatto che non ti tenga appeso ad una pagina e ti mandi il link dei risultati via mail e' mooolto comodo. |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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