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silvietta82
Utente Junior
126 Messaggi |
 Inserito il - 07 luglio 2010 : 22:38:19
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Ciao a tutti, devo studiare vari alrticoli, tra cui il seguente:
Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomic
differences Autori: Ryan Lister et al. 2009 Nature
Un'immagine mostra il profilo di metilazione di un gene in 2 differenti linee cellulari utilizzando la rappresentazione "Annoj browser"
Domanda: immagino che la linea orizzontale rappresenti il gene, poi i siti di metilazione sono rappresentati con linee verticali di cui č chiaro il significato del colore, ma non capisco il significato della lunghezza e del fatto che si dipartano verso l'alto e/o verso il basso rispetto alla linea rappresentante il gene
Qualcuno sa spiegarmi qualcosina su questo tipo di rappresentazione grafica... grazie mille
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittą: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 08 luglio 2010 : 18:41:58
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Un piccolo consiglio: quando fai una domanda, per ricevere risposte piu' facilmente e rapidamente, ti conviene fornire qualche link o immagine, per rendere le cose piu' semplici a chi ti vuole rispondere.
L'articolo a cui ti riferisci dovrebbe essere questo:
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2857523/
La figura di cui parli č probabilmente questa, la 5:
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2857523/figure/F5/
in questo caso, la lunghezza della linea nel grafico B dovrebbe indicare il livello di metilazione. Infatti se leggi nella legenda, dice.
[code]B. [...] Line vertical height indicates the methylation level.[/b]
Il browser a cui si riferisce l'articolo deve essere questo:
- http://neomorph.salk.edu/human_methylome/browser.html
forse dandoci una occhiata manualmente ti potrai fare una idea migliore di quello che significano le linee. C'č anche la possibilitį di scaricare i dati originali e analizzarli manualmente. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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silvietta82
Utente Junior
126 Messaggi |
Inserito il - 08 luglio 2010 : 19:59:49
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| Grazie mille per il "piccolo consiglio" e l'illuminante spiegazione... in effetti ho letto un po' superficialmente perchč, come dicevo, č solo uno dei tanti articoli!! :) |
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Annoj browser_ metilazione del DNA
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