Allora allora, ho capito che i nicks sono interruzioni nel legame pdesterico dei filamenti di DNA e che servono nella nick-traslation per marcarlo.
Recentemente il prof mi ha fatto una domanda: In quante bande dovrebbe presentarsi un plasmidide con la presenza di nick in un elettroforesi? La risposta la sò: 1
Se fai correre un plasmide su gel ti ritrovi in genere tre bande (dal + lento al + veloce): plasmide rilassato, linearizzato, supercoiled. In realtà poi l'ordine di migrazione dipende da vari fattori e la quantità di bande può variare a seconda anche della qualità di preparazione del plasmide. Se tutto il tuo plasmide presenta nick, allora non presenterà superavvolgimenti e correrà come plasmide rilassato.