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Autore

Discussione

AlexTrust
Nuovo Arrivato

1 Messaggi

Inserito il - 18 luglio 2010 : 14:28:05

Ciao a tutti ^^
Premetto che non sono biologo o bioinformatico, sono un ingegnere che sta inserendo una parte di bioinformatica nella sua tesi, con tutte le difficolt� del caso.

Sapreste dirmi gentilmente cosa � e a cosa serve l'enrichment cos� frequente in letteratura?
Grazie mille! ^^

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 19 luglio 2010 : 10:34:27

Per enrichment si intende - come dice il termine stesso - l'arricchimento di una determinata feature rispetto al caso (tipicamente si riferisce ad una annotazione che descrive un gruppo di geni).

Ti faccio un esempio banale: supponiamo che tu voglia verificare se, per un gruppo di geni che hai selezionato, prevalgono quelli coinvolti in una particolare via metabolica rispetto alla normale incidenza del numero di geni coinvolti che troveresti nel genoma.

A questo punto allestisci una tabella di contingenza 2x2 di questo tipo:

______________| geni coinvolti |geni non coinvolti |
tuo gruppo____|____A___________|____B______________|
riferimento___|____C___________|____D______________|

Il gruppo di riferimento ha la stessa numerosita' del tuo gruppo: si riferisce ad un gruppo di geni pescati a caso dal genoma. Applicando un test statistico (tipo Test Esatto Di Fisher) puoi stabilire se il rapporto A/B e' dovuto al caso o se il tuo gruppo e' effettivamente rappresentativo della via metabolica che stai indagando.

P.S.: chiedo l'intervento di statistici, che sicuramente saranno piu' ferrati di me nel campo

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada