Lift Over

Forum

Registrati Discussioni Recenti Preferiti Utenti Cerca Regolamento RSS Statistiche

Utilità

I libri
consigliati:

Cantico di una vita
Rita Levi Montalcini

Biochimica sistematica umana. Con CD-ROM
Autori Vari

Scienze. Per le Scuole (5 vol.)
Ezia Nicoletti, Paola Peretti, Gabriella Somaschi

Altri Libri

Nome Utente:	Password:
Riconoscimi automaticamente

Tutti i Forum

MolecularLab

Bioinformatica

Lift Over

Nuova Discussione

Nuovo Sondaggio

Rispondi

Aggiungi ai Preferiti

Cerca nelle discussioni

Risorse di Bioinformatica:

Guide tools online

Blog InsideBioinfo

Siti di Bioinformatica

Protocolli

Ultime notizie

Aggiungi i tag

Quanto � utile/interessante questa discussione:

Autore

Discussione

valei
Nuovo Arrivato

11 Messaggi

Inserito il - 19 luglio 2010 : 18:06:55

Ciao,
qualcuno mi sa spiegare come utilizzare lift over? Il mio problema e' convertire gli ID ensembl da una release ad un altra. Grazie.

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 20 luglio 2010 : 09:53:39

Non l'ho mai sentito pero' se impari ad usarlo tienici aggiornati. Un programmino simile e' di una utilita' notevole.

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 20 luglio 2010 : 11:06:39

Immagino che faccia riferimento a questo tool di UCSC:
- http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver
purtroppo si tratta di un programma per convertire coordinate genomiche di una release del genoma di NCBI ad un'altra. Per convertire gli id di ensembl, dovresti prima convertire le coordinate genomiche dei geni corrispondenti agli id, e poi ritornare a cercare quali id si trovano nelle stesse coordinate.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)