identificare legami ad idrogeno

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claire84
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21 Messaggi

Inserito il - 20 luglio 2010 : 15:34:53

Ciao a tutti!
avrei un problema che non so come risolvere. Devo analizzare dei risultati di docking (ottenuti con autodock).Mi interessa visualizzare i legami ad idrogeno, per avere info sul binding mode ligando-proteina. Ho provato con Pymol, che però non identifica legami ad idrogeno veri e propri ma delle interazioni polari. C'è un altro sistema?Io ho a disposizioni i programmi: ViewerLite, Pymol, Autodock e Hermes (il visualizzatore di Gold).
Grazie mille

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 04 agosto 2010 : 12:53:26

Non mi intendo molto di docking, peró credo che Pymol sia un programma di visualizzazione e non per calcolare legame a idrogeno. Dovresti provare con un programma sviluppato apposta, per esempio:
- http://autodock.scripps.edu/resources

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)