Significa appunto che il gene "va al contrario":
questo è un esempio visivo in cui il gene 3 è in orientamento opposto:
--GENE 1----GENE 2---3 ENEG---
Siccome la trascrizione però avviene sempre in direzione 5' --> 3', il filamento senso in questo caso non funge da stampo, ma fungerà da stampo il filamento antisenso.