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Autore

Discussione

gasta
Nuovo Arrivato

Prov.: Surrey
Citt�: Guildford

5 Messaggi

Inserito il - 24 settembre 2010 : 11:44:08

Salve,
avrei un problema riguardo la conversione di formati per l'allineamento multiplo di sequenze. Da un formato FastA, come questo:

>gi_260272353_ref_NP_66651 367 bp
------------------------------------------MIPEQNQSWVSEFILIGF
SSDPTTNSILFIVFLLIYLSSVLGNGLIILLVCLDTQLHTPMYFFLCTLSLLDMSYVTTT
MPQMLVHLLAHSQTISFAGCWLQMYVFGALGITECTFFVVMAYDRYVAICYPLRYTVILN
WGLCIRLAAGSWICGFFSSLLHTFFTMSLPYCGPNRVNHYFCEGPSVRSLACMDTHLIEM
VDFVLSVFVVVIPISLIVASYIRIAMAILKIKSTQGRCKAFSTCASHLTVVTFFYAPATY
IYLRPNSSYSPERDKQVSLFYNAFTALLNPVVYSLRNKDIKRAFLKVMGHSRLDQ-----
-------

vorrei convertirlo in un formato "aligned FastA", a2m o a3m. Readseq non contiene questi formati e con Google non riesco a trovare molti tools.
Grazie dell'attenzione.

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 28 settembre 2010 : 12:48:36

Il file che hai postato contiene solo una sequenza, e non un allineamento multiplo. I formati per allineamenti multipli sono pensati per contenere piu' di una sequenza..

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)