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Alessia
Nuovo Arrivato
Prov.: Roma
Città: Roma
59 Messaggi |
 Inserito il - 19 ottobre 2010 : 12:08:47
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ciao a tutti,
volevo una delucidazione. io faccio real time con syber green da sempre e ora per la prima volta mi sto imbattendo ad utilizzare taqman. chiedendo a un laboratorio mi hanno detto che il gene d'interesse lo fanno con taqman mentre l'housekeeping lo fanno con sybergreen giustificando che il ciclo a cui esce il costitutito è uguale per tutte e due le chimiche...la cosa mi lascia un pò perplessa. inoltre mi hanno detto che l'housekeeping di un campione lo fanno una volta e basta anche se poi fanno altri geni in altre piastre dello stesso. mentre io l'housekeeping lo faccio ogni volta in ogni piastra...anche questo mi lascia perplessa...
spero in una vostra chirificazione...
ciao a tutti e grazie
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 19 ottobre 2010 : 18:53:59
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Citazione:
Messaggio inserito da Alessia
...mi hanno detto che il gene d'interesse lo fanno con taqman mentre l'housekeeping lo fanno con sybergreen giustificando che il ciclo a cui esce il costitutito è uguale per tutte e due le chimiche...
Beh la cosa potrebbe avere un senso, in realtà è vero esce allo stesso ciclo perchè l'amplificazione è la stessa, solo il metodo di visualizzazione è diverso, in un caso (SYBRGreen) lo vedi direttamente mentre amplifichi nell'altro (sonda) vedi quando si lega la sonda, ma alla fine quello che vedi è lo stesso.
Sicuramente sarebbe più "corretto" usare la stessa chimica, ma in ogni caso ha senso fare in questo in modo.
Citazione:
Messaggio inserito da Alessia
inoltre mi hanno detto che l'housekeeping di un campione lo fanno una volta e basta anche se poi fanno altri geni in altre piastre dello stesso. mentre io l'housekeeping lo faccio ogni volta in ogni piastra...
anche qui, se utilizzi sempre lo stesso campione basta una volta. Se devi saggiare ad es. 10 geni + HK e hai tanti campioni non puoi fare tutto in una piastra quindi dividerai in diverse piastre. In una avrai l'HK e nelle altre no.
Sulla real-time ci sono tantissime opinioni e ogni laboratorio ha le sue convinzioni, quindi è normale che confrontandoti con altri troverai discrepanze.
Ad es. per me non ha senso utilizzare un solo HK, ma la maggiorparte dei laboratori lo fa ed esistono moltissime pubblicazioni. |
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Alessia
Nuovo Arrivato
Prov.: Roma
Città: Roma
59 Messaggi |
Inserito il - 20 ottobre 2010 : 22:07:55
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ciao,
riguardo fare l'HK ogni volta a me con syber tra un piastra e l'altra non c'è tantissima differenza ma oscilla da o.3-1 ciclo. pensi che possa trascurarlo e farlo una volta sola allora? risparmierei un sacco di well!
grazie
ale |
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