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sat
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7 Messaggi |
 Inserito il - 27 ottobre 2010 : 21:25:02
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Salve a tutti,
sto scrivendo una relazione che dia una panoramica sulle proteine e sul folding proteico. In particolare inizia con i concetti di base delle proteine, le relative strutture, una presentazione dei metodi sperimentali per la determinazione della struttura proteica ed infine il passaggio ai metodi computazionali (homoloty, folding e ab initio).
Ora in relazione ai metodi computazionali vorrei presentare degli algoritmi, tipo FUGUE, ROSETTA, PSI-Blast...
Vorrei chiedervi dei consigli in merito a quali altri algoritmi presentare magari anche di più recenti, e dove trovare del materiale su tali algoritmi ed eventuali loro comparazioni.
Vi ringrazio in anticipo per l'aiuto che vorrete darmi.
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sat
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
Inserito il - 30 ottobre 2010 : 10:45:42
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Nessuno . . . |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 30 ottobre 2010 : 13:59:41
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| Non so darti una risposta ma sicuramente dare un'occhiata su Pubmed non guasterà se vuoi trovare algoritmi più recenti. |
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sat
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
Inserito il - 30 ottobre 2010 : 17:37:33
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Intanto grazie per la risposta,
un consiglio per come cercarli? Scusate la mia poca conoscenza in merito... |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2010 : 09:49:26
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Beh, ad es. vai su Pubmed e cerchi:
"protein folding algorithms"
Trovi già ~1800 articoli, che poi potrai filtrare, ad es. usando il link "review" sulla destra (cosa che almeno all'inizio ti consiglio di fare, in quanto le review sono molto più generali degli articoli).
A questo punto, diciamo che hai trovato un articolo che ti interessa, puoi cominciare a guardare i "related articles" che trovi sempre su Pubmed sulla destra quando apri l'abstract oppure, una volta scaricato l'articolo, cerchi gli articoli citati nella bibliografia. |
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sat
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
Inserito il - 01 novembre 2010 : 11:13:35
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Grazie seguiro la tua "guida" per una prima ricerca . . .
se altri vogliono dare qualche consiglio sarà ben accetto
Grazie ancora |
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gflyer
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
Inserito il - 02 novembre 2010 : 22:17:55
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Stai parlando di algoritmi per la ricerca di template structures nel comparative modeling?
Oppure ti riferisci a svariati algoritmi per fare una panoramica dei vari metodi di modeling?
Lo chiedo perche' quelli che hai elencato tu FUGUE e PSI-Blast servono alla ricerca di template e fold assignment, mentre ROSETTA credo che tu ti riferisca al metodo ab-initio.
Se chiarifichi di cosa hai bisogno magari ti posso aiutare.
Ciao
G. |
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sat
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
Inserito il - 02 novembre 2010 : 22:27:35
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Citazione:
Messaggio inserito da gflyer
Stai parlando di algoritmi per la ricerca di template structures nel comparative modeling?
Oppure ti riferisci a svariati algoritmi per fare una panoramica dei vari metodi di modeling?
Lo chiedo perche' quelli che hai elencato tu FUGUE e PSI-Blast servono alla ricerca di template e fold assignment, mentre ROSETTA credo che tu ti riferisca al metodo ab-initio.
Se chiarifichi di cosa hai bisogno magari ti posso aiutare.
Ciao
G.
Ciao,
cerco di spiegarmi meglio, vorrei presentare una panoramica degli algoritmi attualmente in uso (non tutti naturalmente) per la predizione 3D, e quindi portando degli esempi per le singole metodologie (homology, folding ed ab initio). E alla fine magari presentare un confronto tra tali metodi. Ho visto che esiste un sito di nome LiveBench che effettua dei benchmark tra vari metodi.
Spero di essere stato più chiaro e che puoi essermi d'aiuto.
Grazie |
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gflyer
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
Inserito il - 02 novembre 2010 : 23:21:26
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Allora per la predizione di strutture proteiche ci sono due classi di metodi:
Template-Based Modeling e Ab Initio Modeling.
Il Template-based a sua volta comprende due metodi principali: Comparative Modeling e Threading (fold recognition).
Per il Comparative modeling a mia opinione puoi riferirti al metodo implementato nel software MODELLER che utilizza un algoritmo di "satisfaction of spatial restraints".
Esistono tanti altri metodi inquesto gruppo e se ne vuoi citare un altro magari puoi usare SWISS_MODEL oppure WHAT-IF anche essi molto conosciuti.
Per quanto riguarda il threading credo che potresti fare riferimento a HHpred.
Per il metodo ab-initio non ho grandissima familiarita'. Comunque l'algoritmo Rosetta (credo sia implementato nel server Robetta) e' forse il piu' popolare.
Credo sia importante anche mettere in evidenza i limiti, i possibili problemi di ciascun metodo e il tipo di applicazioni per il quale possono essere utilizzati.
Sui siti di ciascuno dei metodi da me indicati troverai gli articoli con la descrizione degli algoritmi e relative equazioni.
Spero di essere stato di aiuto. Se hai domande specifiche fammi sapere.
In bocca al lupo per il tuo progetto.
Ciao
G |
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sat
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
Inserito il - 04 novembre 2010 : 00:09:33
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Citazione:
Messaggio inserito da gflyer
Allora per la predizione di strutture proteiche ci sono due classi di metodi:
Template-Based Modeling e Ab Initio Modeling.
Il Template-based a sua volta comprende due metodi principali: Comparative Modeling e Threading (fold recognition).
Per il Comparative modeling a mia opinione puoi riferirti al metodo implementato nel software MODELLER che utilizza un algoritmo di "satisfaction of spatial restraints".
Esistono tanti altri metodi inquesto gruppo e se ne vuoi citare un altro magari puoi usare SWISS_MODEL oppure WHAT-IF anche essi molto conosciuti.
Per quanto riguarda il threading credo che potresti fare riferimento a HHpred.
Per il metodo ab-initio non ho grandissima familiarita'. Comunque l'algoritmo Rosetta (credo sia implementato nel server Robetta) e' forse il piu' popolare.
Credo sia importante anche mettere in evidenza i limiti, i possibili problemi di ciascun metodo e il tipo di applicazioni per il quale possono essere utilizzati.
Sui siti di ciascuno dei metodi da me indicati troverai gli articoli con la descrizione degli algoritmi e relative equazioni.
Spero di essere stato di aiuto. Se hai domande specifiche fammi sapere.
In bocca al lupo per il tuo progetto.
Ciao
G
Grazie, sei stato molto esplicativo e sicuramente di molto aiuto. In questi giorni vedrò di approfondire i singoli algoritmi. Per adesso un mega grazie. |
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gflyer
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
Inserito il - 04 novembre 2010 : 04:10:06
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Di nulla.
Fammi sapere se hai altre domande.
Ciao
G |
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sat
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
Inserito il - 06 novembre 2010 : 12:31:57
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Ciao,
riguardo la comparazione dei metodi che mi hai presentato, sai darmi qualche dritta .
Invece riguardo i limiti, problemi e il tipo di applicazioni, vedrò di cercare qualcosa sul web, perchè non credo che per i singoli metodi
vengano elencati. |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 06 novembre 2010 : 20:47:10
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Citazione:
Messaggio inserito da gflyer
[...]
Per il Comparative modeling a mia opinione puoi riferirti al metodo implementato nel software MODELLER che utilizza un algoritmo di "satisfaction of spatial restraints".
In realta' Modeller consente di costruire modelli a partire da un allineamento strutturale. Quindi non fa effettivamente ne' homology modelling ne' threading. La scelta dell'una o dell'altra metodica dipende dal modo in cui ottieni l'allineamento strutturale tra la tua sequenza da modellare e i templati che hai scelto.
Per quanto riguarda il threading si puo' ricorrere a meta-server quale, ad esempio, quello offerto da Bioinfobank (http://bioinfo.pl/)
Per quanto riguarda la comparazione dei metodi comincia a guardare qui (http://en.wikipedia.org/wiki/CASP) |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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gflyer
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
Inserito il - 07 novembre 2010 : 00:52:19
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^^^^
Capisco il tuo punto di vista, se ti riferisci al fatto che MODELLER per generare l'allinemento utilizza informazioni strutturali.
Ma in realta' stiamo giocando con le definizioni.
Inoltre originariamente MODELLER non credo utilizzasse informazioni strutturali per l'allinamento (ma potrei sbagliarmi...confermero' con Andrej).
E per questo motivo in tutta onesta' non mi sentirei di dire che MODELLER possa essere citato nel gruppo di "threading".
Quando penso a software di threading mi viene in mente a software specializzati nel fold recognition (leggi RAPTOR ad esempio).
Tanto per completezza di informazione MODELLER esegue il loop optimization utilizzando un methodo ab-initio.
Questo per dire che MODELLER adesso integra parecchi metodi assieme, ma in generale direi che e' comunemente riconosciuto come software per comparative modeling.
Comunque il tuo punto di vista e' piu' che valido. :)
Cheers,
G
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 07 novembre 2010 : 15:11:39
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Citazione:
Messaggio inserito da gflyer
Capisco il tuo punto di vista, se ti riferisci al fatto che MODELLER per generare l'allinemento utilizza informazioni strutturali.
Non sono molto aggiornato con le ultime release di Modeller ma, per quanto io l'abbia usato non mi risulta che potesse generare allineamenti (o perlomeno, io facevo affidamento a BLAST per l'homology modelling, e ai metaserver x il threading). Per questo ho detto che Modeller si puo' applicare sia x fare homology modelling che threading: si parte dal fatto che queste due tecniche differiscono x il modo in cui si ottiene l'allineamento tra sequenza target e templato/i (lo sporco lavoro eseguito da Modeller e', di fatto, uno step a posteriori con tutti i constraints del caso).
Citazione:
Messaggio inserito da gflyer
Tanto per completezza di informazione MODELLER esegue il loop optimization utilizzando un methodo ab-initio.
Nota veramente dolente. Per esperienza preferisco di gran lunga appoggiarmi a consolidate librerie di loop, come faceva il buon vecchio Insight.
A parer mio modellare i loop lascia un po' il tempo che trova, solo il tempo (quello delle dinamiche molecolari, da evitare di fare intensivamente con Modeller tra l'altro) ci puo' offrire un qualche barlume di ragione. |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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gflyer
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
Inserito il - 07 novembre 2010 : 15:41:22
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MODELLER puo' generare allineamenti. I comandi algin, align2d (obsoleti) e salign generano allineamenti da essere usati come input per il modeling.
Inoltre MODELLER puo' anche cercare direttamente templates se hai una collezione di pdb a disposizione. Di solito si utilzza l'intero RCSBpdb oppure una versione riddotta dove sono state rimosse sequence con 95% di identita'.
In realta anche io come fai tu spesso ricorro a metodi "esterni" per identificare uno o piu' templati che di solito danno migliori risultati quando si arriva vicino alla twilight zone.
Sono d'accordo con te sul fatto che il metodo di loop modeling di MODELLER e' abbastanza povero.
In realta Andrej Sali stesso riconosce che per il loop modeling e' meglio utilizzare altro.
Ad esempio il package di ROSETTA per i loop modeling e' un buon software.
Ma come dici tu il loop modeling ha ancora bisogno di tempo per maturare.
Grazie per i tuoi interessanti punti di vista.
A presto
G
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