| Autore |
Discussione |
|
|
kristanko
Utente Junior
Città: Bologna
123 Messaggi |
 Inserito il - 09 novembre 2010 : 15:49:30
|
Salve a tutti!
Sto provando per la prima volta a calcolare quanto i miei valori siano significativi. Ho fatto delle curve di crescita di cellule trattate rispetto al controllo e ho 4 conte per ogni time point per ogni campione (per esempio).
Sto provando ad usare questo "programmino"
Scelgo grafico XY. Inserisco i miei valori. Mi da le rette e mi dice che i miei P value sono magnifici!! P < 0.0001
Troppo irreale per essere vero!!
Allora come "controprova" inserisco dei dati a caso.
Il programma di rimando mi dice che sono valori fantastici è che il P value è sempre quello...
Molto evidentemente sbaglio qualche impostazione...
Qualcuno sa aiutarmi? So che ci stanno altri programmi in giro, ma aldilà di tutto.. qualcuno che si sia trovato nel mio stesso contesto? (cioè curve di crescita di trattati rispetto al controllo) oppure che abbia in uso questo bel programmino?
Grazie!!
|
|
|
|
|
Daria85
Utente
678 Messaggi |
Inserito il - 09 novembre 2010 : 16:08:11
|
mmm
ankio ho appena avuto questo programma e ankio tratto cellule e poi effettuo conte a diversi tempi...
mi potresti dire tu come imposti il programma (oltre a scegliere grafico xy)?
ti ringrazio moltissimo, poi se smanettando trovo una risp x te te la dirò subito!
baci
|
 |
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 09 novembre 2010 : 16:55:20
|
| Premetto che non uso GraphPad, ma che test statistico stai usando? Cosa confronti? I punti a ciascun tempo, la pendenza delle rette o che? |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
Glubus
Utente Junior
156 Messaggi |
Inserito il - 09 novembre 2010 : 17:57:25
|
Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Premetto che non uso GraphPad, ma che test statistico stai usando? Cosa confronti? I punti a ciascun tempo, la pendenza delle rette o che?
e aggiungo: quali sono le ipotesi che vuoi sottoporre a verifica? Non c'è nulla al mondo del tipo "i miei dati sono significativi", purtroppo! |
|
|
|
kristanko
Utente Junior
Città: Bologna
123 Messaggi |
Inserito il - 09 novembre 2010 : 18:02:59
|
è per quello che chiedevo aiuto.. perchè NON SO cosa cavolo calcoli il programma!! Comunque provo a descrivere meglio. Si apre una pagina del tutto simile a quella di excel, in cui posso inserire i dati.
C'è una sezione per le X e una per le Y. Mentre per le X c'è una sola colonna a disposizione, per ogni Y mi da la possibilità di scegliere quanti valori metterci. Ne imposto 4 (per le 4 conte dell'esempio di prima). In X metto i time point (0 24 48 72 96). Ovviamente suddivido le Y in Controllo, X1, X5 (i due trattati).
Seleziono tutto e c'è direttamente la funzione analisi.
Mi da da scegliere che analisi voglio...
CREDO ed è qui che manifesto la mia enorme ignoranza di dover dire "linear regression"?
E qui mi da le rette che meglio s'adattano al grafico. Varianze.. di tutto. Tra cui questi valori di P bassissimi...commentando "devation from zero? Significant!"
Premetto che NON so neanche COSA dovrei confrontare!! Voglio solo capire se i valori che ho, le curve ottenute trattati/controllo siano attendibili statisticamente e non siano frutto del caso!
Quindi qualsiasi consiglio è ben accetto!
|
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 09 novembre 2010 : 19:19:49
|
Citazione:
Mi da da scegliere che analisi voglio...
CREDO ed è qui che manifesto la mia enorme ignoranza di dover dire "linear regression"?
E qui mi da le rette che meglio s'adattano al grafico. Varianze.. di tutto. Tra cui questi valori di P bassissimi...commentando "devation from zero? Significant!"
E' proprio questo il problema! Il programma semplicemente calcola quello che tu gli chiedi di calcolare! Non può conoscere a priori che cosa tu voglia sapere!
Citazione:
Premetto che NON so neanche COSA dovrei confrontare!! Voglio solo capire se i valori che ho, le curve ottenute trattati/controllo siano attendibili statisticamente e non siano frutto del caso!
Allora, scordiamoci un attimo di Graphpad (che comunque non utilizzo, quindi non ti posso aiutare a riguardo, sorry) e pensiamo un attimo a come analizzare l'esperimento.
Innanzitutto ti consiglio le ottime dispense segnalate qui: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=1286
Arrivando al tuo problema: ci sono varie questioni che ti puoi porre. Ad es:
1) I miei punti seguono un andamento lineare?
2) Supponendo che 1) sia vero, questo "andamento lineare" è diverso tra il gruppo dei controlli e dei trattati (es. i trattati crescono più lentamente)
3) A ciascun time-point i trattati si discostano dai controlli? (es. possono crescere allo stesso modo per 2 giorni e poi rallentare perchè l'effetto del trattamento si manifesta solo dopo 2 giorni).
Ciascuna di queste questioni può essere analizzata statisticamente con metodi differenti.
Per quanto riguarda la domanda 1 quello che puoi fare è una regressione lineare (immagino sia questo che tu hai fatto con GraphPad). Il metodo più comune di fare una regressione lineare è quello dei minimi quadrati. Essenzialmente si cerca la retta che meglio approssima la serie di dati, andando a minimizzare la somma dei quadrati delle distanze fra i punti misurati e i punti teorici (sulla retta). Vedi per una spiegazione un po' più ampia: http://en.wikipedia.org/wiki/Least_squares (c'è anche la pagina italiana ma sembra più confusionaria).
Nota che lo stesso metodo si può utilizzare per trovare ad es. un polinomio di grado n che approssima meglio la serie di dati, non è limitato alle rette.
Quindi in questo caso il programma ti dirà se una retta approssima bene o male la tua serie di dati.
==
La domanda 2 è probabilmente quello che ti interessa. Assumendo che le due serie siano lineari possiamo ad es. considerare il coefficiente angolare delle due rette e confrontarlo fra i due gruppi. Puoi quindi fare una regressione lineare per ciascuna piastra di cellule e notare i coefficienti delle rette. Ti troverai quindi con ad es. 4 coefficienti controllo e 4 trattati. Puoi eseguire ad es. un t-test su questi dati. http://en.wikipedia.org/wiki/Student%27s_t-test
==
La domanda 3 diventa un pochino più complicata da spiegare. In quel caso procederei con un repeated-measure ANOVA o comunque confronterei due modelli lineari (o magari non lineari?). Eviterò di addentrarmi in questa spiegazione perchè a) non sono un superesperto e rischio di dire qualche baggianata e b) mi sembra di capire che ti interessi soprattutto il punto 2.
PS: Glubus, fila il discorso secondo te? |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
la_fra
Utente
750 Messaggi |
Inserito il - 09 novembre 2010 : 19:21:05
|
| più che altro anch'io ho fatto una cosa del genere una volta e mi sono posta lo stesso problema, soprattutto perchè la retta di regressione è un modello matematico che spiega l'andamento di un fenomeno in funzione dell'altro quando il legame tra i due fenomeni è di tipo lineare, mentre il numero di cellule in funzione del tempo è un legame di tipo esponenziale...secondo voi se si fa un grafico semilogaritmico (ovviamente sull'asse log ci va il numero delle cellule) questo test si può applicare? |
Doctors are men who prescribe medicines of which they know little, to cure diseases of which they know less, in human beings of whom they know nothing (Voltaire) |
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 09 novembre 2010 : 19:35:35
|
Citazione:
secondo voi se si fa un grafico semilogaritmico (ovviamente sull'asse log ci va il numero delle cellule) questo test si può applicare?
Attenzione! Il fatto di fare un grafico semilogaritmico non cambia i tuoi dati, semplicemente cambia gli assi del grafico! Quindi una regressione lineare non funzionerà in quel caso.
Quello che devi fare è:
1) trasformare i tuoi dati in log(numero di cellule) e fare una regressione lineare
oppure
2) fare una regressione logaritmica.
Per dimostrazione considera:
x = 1 2 3 4 5 6 7 8
y = 11.1 22.1 31.5 39.7 51.2 69.0 80.3 89.3
Chiaramente c'è una relazione lineare
Ecco gli stessi dati in scala lineare e in scala semi-logaritmica. In ENTRAMBI i casi ho fatto un fit di una retta. Come vedi la retta (è sempre la stessa, con la stessa equazione) diventa una curva quando la mostri in scala logaritmica. Ovviamente il discorso vale anche al contrario.
Immagine:
14,86 KB |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
la_fra
Utente
750 Messaggi |
Inserito il - 09 novembre 2010 : 19:47:09
|
| allora mi sa che bisogna usare qualcos'altro, perchè credo che graphpad non abbia la funzione regressione log |
Doctors are men who prescribe medicines of which they know little, to cure diseases of which they know less, in human beings of whom they know nothing (Voltaire) |
|
|
|
Glubus
Utente Junior
156 Messaggi |
Inserito il - 10 novembre 2010 : 08:53:44
|
Citazione:
Messaggio inserito da la_fra
allora mi sa che bisogna usare qualcos'altro, perchè credo che graphpad non abbia la funzione regressione log
Il problema è anche più complesso: a parte la linearità nella relazione fra variabile dipendente e i vari regressori e l'omogeneità della varianza, probabilmente risolvibili con una trasformazione della variabile dipendente (in questo caso logaritmica), nella regressione lineare semplice (e multivariata) è richiesto che i residui siano fra loro indipendenti.
Questa è forse l'assunzione più importante perchè il metodo è abbastanza robusto rispetto a deviazioni moderate dalla normalità (dei residui) la non indipendenza (dei residui) frequentemente comporta una sottostima degli errori standard dei coefficienti di regressione. La conseguenza è una inflazione dell'errore di primo tipo. Qui gli errori non sono indipendenti, perché ripetuti sulla stessa unità ai vari tempi.
Anche se il disegno sembra banale è meglio che tu chieda aiuto ad uno statistico: facilmente avrai bisogno di strumenti statistici (modelli non-lineari, modelli ad effetti misti, minimi quadrati generalizzati, ...) avanzati.
Ti sconsiglio fin d'ora di adottare la liturgia di fare una analisi della varianza a più vie e poi una qualche correzione per i confronti multipli: è il modo in cui questi dati si vedono spesso pubblicati ma io lo trovo un po' datato ed in più piuttosto inutile.
GB |
|
|
|
TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 10 novembre 2010 : 09:49:16
|
non sono un architetto!!!
ma domani compro autocad un programma fighissimo e
progetto il ponte sullo stretto e se mi avanza tempo magari do una mano agli americani e gli metto giù due proposte per ground zero!!!
 |
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 10 novembre 2010 : 10:13:53
|
Citazione:
non sono un architetto!!!
ma domani compro autocad un programma fighissimo e
progetto il ponte sullo stretto e se mi avanza tempo magari do una mano agli americani e gli metto giù due proposte per ground zero!!!
Verissimo, ma bisogna pure imparare in qualche modo ed è meglio chiedere ed informarsi piuttosto che fidarsi ciecamente dell'output di un software, non credi? |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
kristanko
Utente Junior
Città: Bologna
123 Messaggi |
Inserito il - 10 novembre 2010 : 10:22:36
|
| Questa conversazione sta degenerando all'inverosimile... E... Glubus... la mia risposta è: "ehhhhhhhhhh???" O.o |
|
|
|
TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 10 novembre 2010 : 10:37:10
|
Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Citazione:
non sono un architetto!!!
ma domani compro autocad un programma fighissimo e
progetto il ponte sullo stretto e se mi avanza tempo magari do una mano agli americani e gli metto giù due proposte per ground zero!!!
Verissimo, ma bisogna pure imparare in qualche modo ed è meglio chiedere ed informarsi piuttosto che fidarsi ciecamente dell'output di un software, non credi?
eh si proprio per questo ho scritto il post di cui sopra ...ero evidentemente ironico...
per analizzare i dati bisogna conoscere la statistica non il manuale di un programma!
chiaramente da qualche parte bisogna iniziare e qui consiglierei di iniziare dall'inizio...
tu chick sei fin troppo buono! |
|
|
|
Glubus
Utente Junior
156 Messaggi |
Inserito il - 10 novembre 2010 : 10:38:44
|
Citazione:
Messaggio inserito da kristanko
Questa conversazione sta degenerando all'inverosimile... E... Glubus... la mia risposta �: "ehhhhhhhhhh???" O.o
veramente era già degenere la domanda 
se non comprendi la risposta forse dovresti chiederti se non ti sfugga qualcosa nell'ambito della metodologia statistica.
Ma la colpa non è solo tua, il modo con cui si approccia la statistica in alcuni ambiti è proprio questo: mettiamo i dati in un software e vediamo se sono "significativi". Questo approccio "preinscatolato", reso possibile ed anzi favorito dalla ampia disponibilità di software statistic,o non sempre produce risultati ragionevoli, anche se non dubito che qualcuno li vorrà publicare. |
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 10 novembre 2010 : 10:40:37
|
kristanko, il fatto è che purtroppo non puoi pretendere di aprire un software di statistica e avere dei risultati senza conoscere le basi della statistica e soprattutto senza sapere a che domanda vuoi dare una risposta.
Con un qualsiasi programma di statistica puoi "dimostrare" tutto e il contrario di tutto, basta semplicemente usarlo non correttamente! E' quindi giustissimo chiedere come fare le cose, ma è innanzitutto imperativo che tu ci spieghi bene qual'è la tua questione.
TMax, Glubus, riuscite a dare una spiegazione un po' più terra-terra, perchè comprendo benissimo che se uno non ha mai affrontato questi problemi sia molto difficile comprendere questi discorsi. Io un po' ci ho provato, ma non sono uno statistico e sicuramente voi siete più pratici di me in materia. |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 10 novembre 2010 : 10:49:38
|
la biostatistica è una disciplina di base, soprattutto per chi fa il ricercatore o comunque si trova a dover gestire dei dati sperimentali o osservazionali che siano.
Non è necessario per un ricercatore possedere grandi competenze , ma i concetti si quelli si! se non altro per poter dialogare con chi può dare una mano usando quel minimo di terminologia specifica utile a comprendersi.
Ma se uno presenta un quesito affermando di non sapere cosa vuole ottenere e mostrando palesemente la più totale assenza di conoscenze basilari dell'argomento che vuole trattare
è impossibile provare anche a dare il minimo aiuto se non quello d'invitarlo a formarsi quel minimo di cultura di base.
Se dicessi in questo forum che ho fatto una PCR, ma che non so a cosa serve, quale sono i principi che ne stanno alla base, ma semplicemente ho seguito le indicazioni della procedura operativa e ottenuto della bande e non so cosa siano ...
penso che gentilmente qualcuno mi inviterebbe a leggermi qualcosa prima di paciugare con il dna altrui!
lo stesso deve valere per l'analisi dei dati!
 |
|
|
|
kristanko
Utente Junior
Città: Bologna
123 Messaggi |
Inserito il - 10 novembre 2010 : 10:52:19
|
we we.. calmi calmi!! La degenerazione era per il commento satirico di Tmax sull'autocad... Per il resto sto cercando di seguirvi perchè ho molti limiti in materia e come dicevi tu chick, ben poche sono le mie colpe! Per dirti... in 5 anni di studi universitari in biotech ho affrontato due esami di matematica che quasisia avrebbero dovuto insegnarmi la statistica. In entrambi i casi hanno dato i corsi a Professori di Matematica che c'hanno approfondito Analisi1 (studio di funzioni) e Matrici (per non si sa bene quale tipo di analisi fare).. gente che non sa nemmeno cosa sia una curva cellulare.. quindi del tutto inutile.. è la prima volta che sbatto contro queste cose e volevo qualche consiglio CON IL PRETESTO del graph... Non avevo la minima presunzione di "inserire dati in un software e avere magicamente la soluzione"...Se qualcuno aveva già usato Graphpad avrebbe potuto indirizzarmi meglio nel caso specifico, tutto qui!
Si! Di statistica non so una sega.. è una "colpa" molto comune in noi poveri neo-dottorati ho notato...
Quindi ripropongo la domanda, omettendo che abbia in dotazione quel programma, sperando che il problema sia più chiaro...
Ho trattato le cellule con la molecola X. A due concentrazioni diverse. Quindi ho un controllo C, con un andamento e due trattamenti X1 e X5 con un andamento diverso. Mi è stato chiesto... sono significativi questi dati? ... E io che ne so?! M'hanno dato il programma con tanto di "saluti...provaci!" Ma non so nemmeno da dove iniziare!!
|
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 10 novembre 2010 : 11:02:27
|
Comincia a guardare le dispense nella discussione che ti ho indicato sopra, perchè fanno esempi di statistica applicati alla biologia e partono proprio dai concetti di base. Lo so, sono un bel pacchetto, ma almeno ti darà le basi per comprendere quello che sta scritto sopra (ok, magari non i modelli non lineari ma non credo che, almeno in un primo momento, sia necessario arrivare lì).
Comunque ti capisco benissimo, ci sono passato anche io e non è per nulla semplice all'inizio. Non che adesso mi consideri un esperto di statistica, anzi... ma sono decisamente migliorato. |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
kristanko
Utente Junior
Città: Bologna
123 Messaggi |
Inserito il - 10 novembre 2010 : 11:16:10
|
Da quando sono in questo campo (ricerca e affini), mi sono trovato davanti CONTINUAMENTE a persone arroganti. L'unica mia reazione è stata di ignorare e andare avanti, ma in questo caso qualche piccola cosetta ho proprio voglia di dirla. Spesso e volentieri ho trovato gente ignorante nei più svariati campi. Una ragazza mi ha pure chiesto se poteva spegnere la tripsina con il PBS. Certo la mia risposta non è stata "prima impara la formula chimica della tripsina e di ogni altra sostanza presente nei tuoi terreni e poi ti dirò cosa fare"... Le ho dato una mano, punto. Dandole qualche consiglio e dicendole di fare attenzione.
Chick, certo che leggerò le dispense, come cercherò di capire le cose che avete commentato voi tutti. Credo che i commenti che io presumevo simpatici e invece sono sarcastici e privi di qualsiasi valore, appartengono a persone che non hanno nemmeno CAPITO cosa sia la ricerca, magari MOSTRI di conoscenza. Ma la conoscenza assoluta non porterà alla crescita di nessuno, mentre lo spirito del forum (magari ho capito male io eh?) è appunto la CRESCITA di tutti, in tutti i campi.
Quindi Tmax che mi scrive le battutine sarcastiche e accusa chick80 di essere stato "troppo buono" perchè ha provato ad aiutarmi, è seriamente invitato a non commentare più, e scusate lo sfogo.
kri.
|
|
|
|
Glubus
Utente Junior
156 Messaggi |
Inserito il - 10 novembre 2010 : 11:47:17
|
no, dai, non te la prendere, ...
capisco la tua frustrazione ma cerca di capire anche quella di chi si occupa di statistica e vede svilito il suo ruolo e la sua materia.
Proviamo a vedere allora se possiamo davvero aiutarti ma ti dobbiamo chiedere (magari adesso scusa tu se ti chiediamo cose banali o che magari potrebbero essere sottointese):
hai diverse unità statistiche per trattamento?
fai diverse misurazioni sulle stesse unità statistiche?
Hai una idea di quale pattern abbia la crescita generalmente? (in letteratura dovrebbe esserci qualcosa)
In che scala misuri la variabile dipendente (n° di cellule, densità , ...)?
Quanti punti di osservazione hai nel tempo?
Cosa attendi che accada col trattamento e senza trattamento?
Come pensi di misurare gli effetti del trattamento? (in termini percentuali, di differenza, ...)
Che dimensione credi che avrà questo effetto (questo dovresti dirlo prima dell'esperimento)?
Non credo che ottenere qualche p < 0.05 ti sia in realtà utile, e un utilizzo ragionato della statistica ti potrà essere utile a capire meglio il tuo esperimento.
Ma non ti preoccupare, con questo mezzo di comunicazione è facile fraintendere le sfumature e le intenzioni (non ci si vede di faccia) ma credimi che se solo lo vuoi io (ed altri) siamo dispostissimi ad aiutarti.
GB
Citazione:
Messaggio inserito da kristanko
Da quando sono in questo campo (ricerca e affini), mi sono trovato davanti CONTINUAMENTE a persone arroganti. L'unica mia reazione � stata di ignorare e andare avanti, ma in questo caso qualche piccola cosetta ho proprio voglia di dirla. Spesso e volentieri ho trovato gente ignorante nei pi� svariati campi. Una ragazza mi ha pure chiesto se poteva spegnere la tripsina con il PBS. Certo la mia risposta non � stata "prima impara la formula chimica della tripsina e di ogni altra sostanza presente nei tuoi terreni e poi ti dir� cosa fare"... Le ho dato una mano, punto. Dandole qualche consiglio e dicendole di fare attenzione.
Chick, certo che legger� le dispense, come cercher� di capire le cose che avete commentato voi tutti. Credo che i commenti che io presumevo simpatici e invece sono sarcastici e privi di qualsiasi valore, appartengono a persone che non hanno nemmeno CAPITO cosa sia la ricerca, magari MOSTRI di conoscenza. Ma la conoscenza assoluta non porter� alla crescita di nessuno, mentre lo spirito del forum (magari ho capito male io eh?) � appunto la CRESCITA di tutti, in tutti i campi.
Quindi Tmax che mi scrive le battutine sarcastiche e accusa chick80 di essere stato "troppo buono" perch� ha provato ad aiutarmi, � seriamente invitato a non commentare pi�, e scusate lo sfogo.
kri.
|
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 10 novembre 2010 : 13:09:44
|
kristanko, sono sicuro che TMax stesse solo scherzando e certo non ti voleva offendere. Su Internet è difficile a volte comprendere le sfumature delle espressioni che si utilizzano. Capisco anche quello che dice Glubus quando parla di "svilimento" del ruolo dello statistico in biologia (anche se mi è capitato di vedere un po' la situazione invertita parlando a matematici che facevano modelli assolutamente privi di senso biologico... ma non andiamo troppo OT).
Invito quindi tutti a non perdersi in questi discorsi che non sono per nulla produttivi, sono sicuro che da nessuno dei due lati ci fosse stata intenzione di offendere alcuno; ricominciamo da capo (magari rispondendo alle domande di Glubus) e vediamo se riusciamo ad arrivare ad una soluzione tutti insieme. |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 10 novembre 2010 : 13:43:34
|
mi spiace se te la sei presa...
ho dimostrato più e più volte su questo forum la mia disponibilità a dare una mano a chi ne ha bisogno...
per essere pragmatici
posta qui il tuo dataset cosi sarà più facile capirci!
|
|
|
|
kristanko
Utente Junior
Città: Bologna
123 Messaggi |
Inserito il - 11 novembre 2010 : 16:57:51
|
cancelliamo per un attimo il fatto che io abbia in dotazione questo diavolo di programma.
cancelliamo tutto.
Spiego tutto meglio, spero...
Ho piastrato le mie cellule. Le ho piastrate in 20 Fiasche Piccole ad una concentrazione molto inferiore a quella che di confluenza per queste cellule, nel caso specifico circa 50000 cellule per fiasca.
24 ore dopo la piastratura, 2 fiasche le ho utilizzate per contare le cellule e verificare che effettivamente abbia piastrato il numero di cellule che io credevo.
* come avviene la conta? Dopo averle staccate e centrifugate risospendo in 1 ml. E un'aliquota d cellule verrà mescolata con Trpan blu in rapporto 1:1. Conto con la cameretta di Burker e segno i numero che ottengo.
Le altre fiasche sono state divise in 3 gruppi da 3.
Tre fiasche per controllo , tre per trattato ad una concentrazione (X1) e tre per trattato ad una concentrazione cinque volte maggiore (X5).
Le cellule sono state quindi trattate con la molecola alle concentrazioni ricavate.
dopo 24 ore ancora iniziano le "conte". Conto da una fiasca per il controllo una per X1 e una per X5, e così per le 48 ore e per le 72 ore. Il sistema della conta è lo stesso indicato prima! In particolare posso dire di considerare 4 conte (quindi quattro numeri) per ogni time point per ogni controllo o trattato. Da questi 4 numeri faccio la media che è indice praticamente diretto del numero di cellule.
Vorrei inserire un grafico per dare una idea ma NON ci sono riuscito!
Il grafico è su asse XY, sulle Y ho il numero di cellule ricavato come ho detto e sulle X ho le ore dal trattamento (24 48 72).
Vedo che la linea del controllo è più alta sempre di X1 che è un po' più alta rispetto a X5. In altre parole le due concentrazioni INIBISCONO la crescita delle cellule.
La mia prof mi ha detto, questa differenza fra trattati e controllo è SIGNIFICATIVA??
mia risposta... BOOOH.
Qual è il miglior test per verificare che tale differenza non sia dovuta al caso ma ha un qualche valore?
Su quali dati devo eseguire il test? Su TUTTE LE CONTE che ho fatto? Direttam sulla media? In teoria posso anche ricavarmi anche la % di inibizione. Posso fare un test statistico di non so quale significatività sfruttando direttam questa %? Potrei continuare a fare domande del genere fino alla noia.. spero che qualcuno possa aiutarmi... IO. STO. FONDENDO.
|
|
|
|
la_fra
Utente
750 Messaggi |
Inserito il - 11 novembre 2010 : 21:46:40
|
| Dovresti inserire tutti i dati (se formatti il foglio passando a 4 colonne per ogni Y poi lui ti calcola media e SD) perchè è meglio fare il confronto tra 4 dati grezzi vs 4 dati grezzi che media vs media. E penso tu debba fare un repeated measure ANOVA, come diceva prima chick avendo un confronto a 3 gruppi (se era a 2 facevi il t-test) dello stesso "soggetto" non trattato e trattato X1 e X5. Il programma per ogni time point ti confronta i 4 valori del controllo vs i 4 del trattato X1 e i 4 controllo con 4 X5. E gli dai il Dunnett post test perchè hai una colonna che rappresenta il controllo e vuoi comparare le altre colonne con quella colonna. Aspetta comunque il parere dei più esperti che non vorrei aver detto qualche cavolata |
Doctors are men who prescribe medicines of which they know little, to cure diseases of which they know less, in human beings of whom they know nothing (Voltaire) |
|
|
|
kristanko
Utente Junior
Città: Bologna
123 Messaggi |
Inserito il - 12 novembre 2010 : 09:22:10
|
nell'arco della nottata mi ci sono un po' sbizzarrito. E con il dunnet (ma solo con il dunnet) il risultato è sufficientemente positivo!!
Tra l'altro facendo l'Anova2way, impostandogli su quali sono i time point, cioè se fossero in righe o colonne, e dicendogli anche di fare il Bonferroni post-tests to compare replicate means by road, confrontando trattati con CNTR, viene fuori questo:
Does Time have the same effect at all values of Column Factor?
-the interaction is considered not significant
Does column Factor affect the result? (Are the curves different?)
-the effect is considered significant.
Does Time affect the result? (Are the curves horizontal?)
-the effect is considered extremely significant.
Was the matching effective?
The effect is considered not quite significant.
(cioè mi è uscito P UGUALE a 0.05)
Contemporaneamente sto continuando a studiare un po' di statistica, perchè NON MI PIACE FARE LE COSE SENZA CAPIRNE REALMENTE IL MOTIVO. Ma ora ho l'urgenza di dover consegnare questi dannati dati, sperando nell'aiuto di chi ne sa a pacchi sull'argomento, aspetto fiducioso... In particolare non ho capito il primo dato e il "matching" finale... grazie a chi mi risponderà!
|
|
|
|
Discussione |
|
graphpad
Guide tools online
