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GiusyBirillo
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
 Inserito il - 15 novembre 2010 : 22:52:05
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Ciao..ho bisogno di un'idea per scrivere un progetto di bioinformatica, brevemente ci chiedono di scrivere questo progetto in cui dobbiamo far capire che sappiamo usare strumenti bioinformatici e di trattare temi che riguardano le cellule staminali. in particolare vorrei fare qualche analisi su dati di array su breast cancer stem cells..ma come faccio??
sapete darmi qualche consiglio?
Grazie in anticipo..
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 15 novembre 2010 : 23:44:27
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Forse dovresti darci un po' di informazioni sulle tue capacità... ad es. sai programmare? In che linguaggi? Hai conoscenze biologiche? E statistiche?
Inoltre, quanto tempo hai per scrivere il progetto? |
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GiusyBirillo
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 17 novembre 2010 : 20:09:05
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Sì ho conoscenze biologiche e statistiche..ma non uso programmi bioinformatici di solito..quello che ci hanno insegnato al corso è usare le banche dati e teoricamente qualche programma (BLAST,UCSC,CLUSTAL,PHYLIP,David anche se quest'ultimo non l'abbiamo mai usato durante il corso..).
per scrivere il progetto ho 3 mesi
grazie della risposta.
ciao! |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 17 novembre 2010 : 20:43:05
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Ti chiedevo se avevi conoscenze statistiche perchè l'analisi di dati di microarray è tutto fuorchè triviale e -per essere fatta correttamente- richiede conoscenze statistiche e bioinformatiche non da poco (ti scontrerai ad es. con cose quali i metodi di clustering o l'analisi delle componenti principali).
In attesa che qualcuno più ferrato di me in materia risponda, per quanto riguarda l'analisi ti consiglio l'uso di R. Dai un'occhio alla pagina di Bioconductor per il package affy http://www.bioconductor.org/help/workflows/oligo-arrays/
Trovi un dataset di microarray da breast cancer cells (anche con trattamenti vari) qui:
http://genome-www.stanford.edu/breast_cancer/sbcmp/data.shtml
e sicuramente se cerchi un pochino su Google ne troverai altri.
Prima di buttarti in una cosa del genere comunque ti consiglio di andare su Pubmed (e su Google) e leggere leggere leggere leggere... perchè di letteratura a riguardo ce n'è quanta ne vuoi. Potrebbe ad esempio essere interessante iniziare con una piccola review dei vari metodi esistenti per questo tipo di analisi.
Tienici al corrente!
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GiusyBirillo
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 17 novembre 2010 : 20:50:06
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Grazie per essere stato così veloce!
ho già scaricato un po' di lavori e adesso cercherò qualche review sui metodi di analisi come consigli tu.
speriamo di capirci qualcosa..
bye
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MB
Nuovo Arrivato
58 Messaggi |
Inserito il - 18 novembre 2010 : 14:01:54
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io ti dò un altro consiglio.. cerca se qualcuno nel tuo dipartimente, nella tua università o altro fa cose simili e contattalo. Per progetti di questo tipo secondo me all'inizio bisogna affiancare qualcuno che ha esperienza, il fai-da-te non è vantaggioso, rischi di metterci 10 volte di più e prendere strade sbagliate. Nessun paper può sostituire il know-how di qualcuno che ci lavora da tempo.
Facci sapere, ciao! |
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