L'idea alla base delle analisi di linkage è che due geni che siano vicini tra di loro sono più facilmente ereditati insieme di due geni che sono invece lontano.
Utilizzando questa idea puoi fare quello che si chiama linkage maping che essenzialmente permette di determinare la distanza fra i geni.
Si introduce quindi il centimorgan che è la distanza per cui hai un 1% di ricombinazione durante la meiosi.
Se in una popolazione la ricombinazione fra due loci avviene in percentuale maggiore di quella teorica si parla di disequilibrio di linkage (vedi http://en.wikipedia.org/wiki/Linkage_disequilibrium)
La LOD score è un parametro che ti indice se due geni hanno linkage e si calcola come:
% di individui che hanno ereditato i tratti insieme
LOD = log ---------------------------------------------------------
% di individui che non hanno ereditato i tratti insieme
Se LOD > 3 puoi dire che hai linkage tra i 2 geni perchè la probabilità di avere un individuo che ha ereditato i geni insieme per caso (e non perchè hanno linkage) è minore di 1/1000 (log 1000 = 3).
SLINK non ho idea di cosa sia, lascio la risposta ai bioinformatici
analisi di linkage
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Inserito il - 24 settembre 2006 : 13:52:57
