Salve a tutti, sono nuovo dell'ambiente, ed ho poca dimestichezza con bioperl. Mi occorrerebbe un aiuto: ho realizzato la seguente procedura :
#!/usr/lib/perl
use IO::String;
use Bio::Seq;
use Bio::SeqIO;
use Bio::DB::GenBank;
$gb = new Bio::DB::GenBank;
$seq_io = Bio::SeqIO->new(-file => "$ARGV[0]", -format => "fasta" );
while (my $seq = $seq_io->next_seq){
print ">",$seq->seq, "\n";
$seq= $gb->get_Seq_by_version($seq->seq);
print $seq->seq, "\n";
}
in sostanza ricerca le sequenze che gli passo in input (in un file) in Genbank e me le stampa a video. Funziona correttamente, ma quello che vorrei fare è cercarle in locale, evitando di interrogare in remoto il database. Ho scaricato nr e swissprot in formato fasta.
Qualcuno può cortesemente dirmi come procedere? Vi ringrazio anticipatamente per l'aiuto.
Saruman
Interrogazione database locale tramite bioperl
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Inserito il - 04 dicembre 2010 : 14:22:32
