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jeCO85
Nuovo Arrivato
51 Messaggi |
 Inserito il - 17 dicembre 2010 : 15:43:09
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Carissimi,
voglio chiedervi un consiglio circa la PCR per identificare un allele patologico espanso in una patologia da espansione di triplette.
Mio dubbio:
ho confrontato la mia amplificazione con quella di un altro lab; sebbene utilizziamo gli stessi reagenti (Taq, primers), e abbiamo fatto una prova crociata con lo stesso DNA, a me l'allele patologico sembra amplificarsi meno efficientemente, mentre vedo molto bene l'allele normale. Il risultato dell'altro lab è un allele normale molto debole, ma un forte allele patologico. L'altro sostanziale problema è che la dimensione del mio allele patologico appare inferiore a quella risultante dall'amplificazione nell'altro lab.
Opinioni a riguardo? Cosa potrebbe determinare questa differenza?
-qualche componente generico di PCR (tendo a escluderlo)?
-profilo termico?
-altre condizioni?
Grazie dei suggerimenti 
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kiki
Nuovo Arrivato
97 Messaggi |
 Inserito il - 18 dicembre 2010 : 17:06:01
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| ciao!hai provato a cambiare i primer?a me la differenza di intensità è capitata quando i primer non funzionavano più bene per cui non ce la facevano ad amplificare l'allele espanso, cambiati i primer (non la sequenza, solo comprati nuovi)il problema si è risolto |
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zerhos
Utente Junior
Prov.: Pisa
Città: Pisa
421 Messaggi |
Inserito il - 19 dicembre 2010 : 00:31:44
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oppure, sempre riguardo ai primers, sono bilanciati male.
Prova a vedere se effettivamente sono alla stessa concentrazione negli stock. Diverse volte a me è capitato che non lo fossero e li ho dovuti ribilanciare |
"l'unica differenza tra me e un pazzo è che io non sono pazzo!"
Salvador.Dalì
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jeCO85
Nuovo Arrivato
51 Messaggi |
Inserito il - 19 dicembre 2010 : 19:05:49
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Ok grazie 1000 per il suggerimento, proverò a modificare quelli :-)
Thanks |
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PCR per alleli espansi
Didattica
