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volpesfuggente
Nuovo Arrivato
24 Messaggi |
 Inserito il - 05 gennaio 2011 : 12:44:35
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Salve a tutti,
sto cercando di ricavare le dimensioni delle citochine (in particolare le interleuchine) partendo dalla loro massa espressa in KDa e vorrei qualche parere circa le considerazione da me fatte.
Supponendo di avere ad esempio la IL-4, la quale ha una massa di 20KDa e, semplificando la trattazione, ipotizzando che sia sferica, si prova a ricavarne il raggio.
1 Da = 1,66054E-27 Kg
allora: 1 KDa = 1,66054E-24 Kg (giusto?)
20KDa = 20000 * 1,66054E-27 Kg = 3.32108 * 10^-23 Kg = 3.32108 * 10^-20 g
Questa secondo me è la massa della IL-4. Ora devo fare un'altra ipotesi, perché dovrei conoscere la densità della citochina in questione, ma non sono riuscito a trovarla da nessuna parte, in teoria dovrebbe essere una catena proteica (o sbaglio?) comunque, per ora ho fatto i conti utilizzando la densità di 1 mg/mm^3 (che è la densità dell'acqua e l'avevo utilizzata in un post precedente per ricavare le dimensioni delle cellule, le quali, semplificando ancora si può assumere che il loro cytosol sia costituito essenzialmente da acqua).
1 mg/mm^3 è anche uguale a 1 pg/um^3 = 10^-12 g/um^3
Quindi:
volume= 3.32108 * 10^-20 g / (10^-12 g/um^3) = 3.32108 * 10^-8 um^3
riportandolo in nanometri = 33.2108 nm^3
Se quanto scritto sopra è corretto, ora ricavare il raggio della sfera è un'operazione banale!
V = 4/3 * PI.GRECO * r^3
r = cubeRoot(33.2108 nm^3 / (PI.GRECO*4/3)) = 1.994023 nm
approssimerei a 2 nm!
Qualcuno se la sente di esprimere un parere sui miei calcoli? Inoltre, se qualcuno conosce la densità delle citochine o delle proteine, forse potrei avvicinare ulteriormente i calcoli alla realtà!
Grazie.
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 05 gennaio 2011 : 15:47:20
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I tuoi calcoli sono formalmente corretti e non ho idea di come tu possa farli meglio,
ma ho il sospetto che la densità dell'acqua non abbia nulla a che vedere con quella di
una proteina ripiegata a motivi idrofobici su se stessa (perchè così son foldate...).
Io credo che la densità di massa sia ben maggiore.
Infatti un diametro di 4 nm mi sembra un po' tantino per una citochina così leggera (so che
la ferritina ha un diametro simile). Però non sono un esperto e attendo altre opinioni.. |
Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
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chim2
Utente Attivo
2110 Messaggi |
Inserito il - 05 gennaio 2011 : 15:58:51
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se proprio vuoi avvicinarti alla reatà sicuramente non è una sfera,buon integrale multiplo... |
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volpesfuggente
Nuovo Arrivato
24 Messaggi |
Inserito il - 05 gennaio 2011 : 16:34:20
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Citazione:
Messaggio inserito da Dionysos
I tuoi calcoli sono formalmente corretti e non ho idea di come tu possa farli meglio,
ma ho il sospetto che la densità dell'acqua non abbia nulla a che vedere con quella di
una proteina ripiegata a motivi idrofobici su se stessa (perchè così son foldate...).
Io credo che la densità di massa sia ben maggiore.
Ho trovato in rete, da almeno due fonti, che le proteine solubili hanno una densità = 1.34 g/cm^3
DOMANDA: Posso considerare le proteine solubili? o esistono altri tipi di proteine?
Se potessi considerare questo valore, allora i calcoli non si sposterebbero di troppo, dato che passerei da 1pg/um^3 a 1.34pg/um^3, il che porta ad un raggio di 1,8086806 nm.
Secondo me non sono troppo errate come dimensioni. Da ricerche precedenti, avevo utilizzato per scopi analoghi gli ioni Ca++ ed essi hanno un raggio di 0,2 nm, essendo ioni direi che sono decisamente più piccoli di una catena proteica, un ordine di grandezza mi sembra plausibile. Onestamente dubito che una proteina possa scendere sotto al nm!
Che ne pensate?
Per rispondere anche a Chim2:
Per i miei scopi assumere che abbiano un volume sferico è più che accettabile, non vale la pena impelagarsi in integrali complessi i cui risultati restano comunque difficilmente verificabili, ma in linea di principio, hai ragione!
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