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emi24
Nuovo Arrivato

40 Messaggi

Inserito il - 26 gennaio 2011 : 01:58:50

ciao a tutti,
vi chiedo un'illuminazione:

faccio un BLAT e vedo che la mai query si localizza sul filamento reverse.Quando vado a scaricarmi la sequenza in UCSC da DNA dato che il gene sta sul filamento � dovrei spuntare REVERSE COMPLEMENT per avere il mio gene?
E poi�dato che sulla sequenza che estraggo mi chiede di fare uno studio delle isole CpG ( e quindi devo considerare 1000 pb per il promotore), le 1000 pb le devo prendere a monte del 5�, anche se mi estraggo la sequenza come reverse complement?

Alla fine�quando incollo la sequenza in CpG plot dove dice sulla finestra REVERSE e COMPLEMENT dovrei mettere yes ( dato che ho la sequenza estratta in reverse complement) al posto di no o non devo modificare alcun parametro?

grazie

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 26 gennaio 2011 : 14:17:27

non penso che tu debba scegliere il reverse complement... in ogni caso, potresti spiegare quali passi fai per ottenere la sequenza, in modo che sia pi� facile capire a cosa ti riferisci?

Comunque si pu� verificare facilmente provando a scaricare la sequenza da NCBI e confrontandola con quella ottenuta su UCSC. Oppure puoi controllare che gli introni inizino con GT e finiscano con AG.

Per scaricare la sequenza al 5', io preferirei usare Biomart, che sicuramente ti da il 5' a partire dall'inizio del gene, indipendentemente dallo strand.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)