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carlo4567
Nuovo Arrivato
Prov.: roma
Città: roma
40 Messaggi |
 Inserito il - 10 ottobre 2006 : 09:05:35
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Vorrei sapere :
1) la differenza tra un dominio conservato (come quelli trovati con Pfam) ed un motivo funzionale come quelli tipici di prosite
2) Come fare ad estarre una sequenza consensus da un allineamento
Grazie a chiunque potrà darmi una mano
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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
Inserito il - 10 ottobre 2006 : 09:50:15
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Allora:
1) Generalmente con il termine di "dominio" proteico si intende una porzione consistente di una proteina che si organizza in una sua struttura tridimensionale. Quindi un dominio conservato è un dominio proteico che in una determinata classe di proteine o in una determinata famiglia di proteine è conservato, cioè la sequenza è pressochè identica fra le varie classi di proteine considerate. I motivi funzionali di PROSITE sono invece delle combinazioni di amminoacidi, noti per essere sufficienti e fondamentali per una funzione proteica-enzimatica...faccio un esempio: G - [LIV] - S - x - [KR] - x - [QH] - x - L - [FY] - x - [LIV](2) - [FYW] - x(2) - R - Y è la combinazione di amminoacidi che serve a mantenere una proteina nel RER. Le differenze principali fra i due sono: che il motivo funzionale non necessariamente è un dominio proteico, un dominio conservato è un termine generico e non si dice quanto e in che punti deve essere conservato, mentre il motivo funzionale funziona solo se ha quel determinato ordine di amminoacidi.
2) se usi ClustaW per fare l'allineamento fra proteine la consensus tela fornisce automaticamente in basso sotto le sequenze allineate.
Spero di esserti stato d'aiuto.
ciao ciao  |
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carlo4567
Nuovo Arrivato
Prov.: roma
Città: roma
40 Messaggi |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 10 ottobre 2006 : 14:46:53
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Citazione:
Messaggio inserito da carlo4567
Vorrei sapere :
1) la differenza tra un dominio conservato (come quelli trovati con Pfam) ed un motivo funzionale come quelli tipici di prosite
giusto quello che e' stato detto, ma hai dato un'occhiata alle faqs di prosite e di pfam? 
Citazione:
2) Come fare ad estarre una sequenza consensus da un allineamento
Grazie a chiunque potrà darmi una mano
Per la visualizzazione di una sequenza consenso ti consiglio di dare un'occhiata anche a questo sito sui sequence-logos (un modo per rappresentare la conservazione di un allineamento), che tra l'altro accenna anche il concetto di entropia di shannon. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
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Domini conservati e squenze consensus
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