Domini conservati e squenze consensus

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Autore

Discussione

carlo4567
Nuovo Arrivato

Prov.: roma
Citt�: roma

40 Messaggi

Inserito il - 10 ottobre 2006 : 09:05:35

Vorrei sapere :
1) la differenza tra un dominio conservato (come quelli trovati con Pfam) ed un motivo funzionale come quelli tipici di prosite

2) Come fare ad estarre una sequenza consensus da un allineamento

Grazie a chiunque potr� darmi una mano

Fil23
Utente Junior

Prov.: estero
Citt�: London

238 Messaggi

Inserito il - 10 ottobre 2006 : 09:50:15

Allora:
1) Generalmente con il termine di "dominio" proteico si intende una porzione consistente di una proteina che si organizza in una sua struttura tridimensionale. Quindi un dominio conservato � un dominio proteico che in una determinata classe di proteine o in una determinata famiglia di proteine � conservato, cio� la sequenza � pressoch� identica fra le varie classi di proteine considerate. I motivi funzionali di PROSITE sono invece delle combinazioni di amminoacidi, noti per essere sufficienti e fondamentali per una funzione proteica-enzimatica...faccio un esempio: G - [LIV] - S - x - [KR] - x - [QH] - x - L - [FY] - x - [LIV](2) - [FYW] - x(2) - R - Y � la combinazione di amminoacidi che serve a mantenere una proteina nel RER. Le differenze principali fra i due sono: che il motivo funzionale non necessariamente � un dominio proteico, un dominio conservato � un termine generico e non si dice quanto e in che punti deve essere conservato, mentre il motivo funzionale funziona solo se ha quel determinato ordine di amminoacidi.
2) se usi ClustaW per fare l'allineamento fra proteine la consensus tela fornisce automaticamente in basso sotto le sequenze allineate.
Spero di esserti stato d'aiuto.
ciao ciao

carlo4567
Nuovo Arrivato

Prov.: roma
Citt�: roma

40 Messaggi

Inserito il - 10 ottobre 2006 : 10:55:16

Ciao Filippo

Riguardo alla sequenza consensus credo di aver capito
Potresti, per conferma, indicarmi la sequenza consensus del seguente allinemento:

http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/clustalw/result?tool=clustalw&jobid=clustalw-20061010-09520230&poll=yes

Grazie e saluti

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 10 ottobre 2006 : 14:46:53

Citazione:
Messaggio inserito da carlo4567

Vorrei sapere :
1) la differenza tra un dominio conservato (come quelli trovati con Pfam) ed un motivo funzionale come quelli tipici di prosite

giusto quello che e' stato detto, ma hai dato un'occhiata alle faqs di prosite e di pfam?

Citazione:
2) Come fare ad estarre una sequenza consensus da un allineamento

Grazie a chiunque potr� darmi una mano

Per la visualizzazione di una sequenza consenso ti consiglio di dare un'occhiata anche a questo sito sui sequence-logos (un modo per rappresentare la conservazione di un allineamento), che tra l'altro accenna anche il concetto di entropia di shannon.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

Fil23
Utente Junior

Prov.: estero
Citt�: London

238 Messaggi

Inserito il - 11 ottobre 2006 : 09:48:01

Ciao,
Se usi questo ClustalW: http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_clustalw.html
vedrai che la sequenza consensus la scrive lui direttamente in basso sotto l'allineamento.
ciao ciao