problemi del sequenziamento

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diabolico85
Nuovo Arrivato

8 Messaggi

Inserito il - 17 febbraio 2011 : 16:59:09

Ciao a tutti!!!! studiando il seuqenziamento ho riscontrato che il problema principale della tecnica � stato rappresentato dalle ripetizioni presenti nel genoma!!!! in che senso e come � stato risolto il problema??? nonch� il problema dei gap!!!! qualcuno pu� aiutarmi

Ale_90
Utente Junior

296 Messaggi

Inserito il - 17 febbraio 2011 : 17:26:48

Per le sequenze ripetute, il problema si presenta al momento dell'assemblaggio delle zone sovrapponibili:

ACGCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGAGAGCG ---> sequenza originale

ACGCTGTGTGTGTGTGTG ---> primo clone
GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGAGAGCG ---> secondo clone
GTGTGCGCGCGAGAGCG ---> terzo clone

ACGCTGTGTGTGTGTGTG
-------------TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGAGAGCG

ACGCTGTGTGTGTGTGTG
---------------TGTGCGCGCGAGAGCG

Come vedi, entrambi i contig sono validi, ma nessuno dei due rappresenta la sequenza originale.
Un modo per ovviare al problema consiste nell'usare dei super-vettori di sequenziamento, come un BAC, in grado di contenere tutta la sequenza ripetuta come inserto; puoi usare lo stesso metodo per riempire i gap...

Spero di non aver fatto errori o averti confuso le idee, ma tra 4 giorni ho l'esame di biomolecolare XD

diabolico85
Nuovo Arrivato

8 Messaggi

Inserito il - 17 febbraio 2011 : 17:44:05

devo dire che mi hai illuminato... grazie ;)

0barra1
Utente Senior

Citt�: Paris, VII�me arrondissement

3847 Messaggi

Inserito il - 17 febbraio 2011 : 20:42:09

Ci sarebbe anche da dire che esiste un altro problema, ossia che a livello delle sequenze ripetute si tende ad avere ricombinazione, con fenomeni di i) chimerismo se le ripetizioni sono inverse, e cio� due tratti di DNA separati spazialmente vengono a trovarsi contigui, inficiando perci� la rappresentativit� del frammento di DNA, oppure ii) excisione della stringa di nucleotidi, per ripetizioni dirette, con perdita di informazione.

diabolico85
Nuovo Arrivato

8 Messaggi

Inserito il - 18 febbraio 2011 : 10:21:04

grazie per l'ulteriore chiarimento ;)

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