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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
 Inserito il - 12 ottobre 2006 : 01:05:16
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Sono un po' diversi.
Blat e' piu' veloce perche' sfrutta in maniera migliore la memoria RAM (che ha un tempo di accesso ridotto rispetto al disco rigido), ovvero, mantiene in memoria una copia del database da analizzare suddiviso in t-meri, mentre gli altri tool di allineamento come blast fanno il contrario, ossia mantengono in memoria una copia della sequenza da analizzare e la confrontano con il database salvato su un disco fisso.
Inoltre Blat e' studiato appositamente per fare ricerche su nucleotidi, ed in particolare e' molto accurato nel prevedere i siti di splicing e altre strutture genomiche.
Un altro vantaggio e' quello di essere ben integrato con il genome browser di UCSC, e questo permette di avere a disposizione una buona annotazione subito dopo aver finito l'allineamento.
Cosi' come per blast, anche per blat e' disponibile una versione stand-alone utilizzabile grratuitamente in locale, ma per farla funzionare serve un computer con una buona memoria.
In generale si considera che blat e' piu' indicato per fare ricerche su genomi e nucleotidi, mentre blast rimane piu' affidabile per la ricerca su proteine.
Da notare che anche di blast esistono due versioni, quella dell'NCBI, e quella della Washington University (spero di aver scritto bene), il WU-Blast.
Questo ti potrebbe interessare: http://www.scirus.com/srsapp/sciruslink?src=web&url=http%3A%2F%2Fai.stanford.edu%2F~serafim%2Fcs262%2FPapers%2Fblat.pdf (attenz, e' un pdf). |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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BLAT e BLAST
Guide tools online
Inserito il - 11 ottobre 2006 : 09:56:32
