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carlo4567
Nuovo Arrivato

Prov.: roma
Cittą: roma


40 Messaggi

Inserito il - 12 ottobre 2006 : 08:16:15  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di carlo4567 Invia a carlo4567 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Vorrei sapere sinteticamente in quali circostanze e perchč sia meglio usare questi tools

tblastx
tblastn
blastx
megablast
psi-blast
phi-blast
blat
fasta
ssaha
wu-blast

Inoltre quando usare le matrici Pam e quando le blosum?

Grazie

valia
Moderatore


Prov.: UK


1001 Messaggi

Inserito il - 12 ottobre 2006 : 08:34:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di valia  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di valia Invia a valia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Per le prime 6 voci guarda "Blast program Selection Guide":
vai sul sito di Blast e poi su "Getting started". LƬ troverai appunto una guida con le caratteristiche ti ogni tipo di blast e i consigli su quando usare ogn tool (ho provato a mettere il link ma per qualche strana ragione non funzionava ).

Per Blast vs Blat:
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=2160
(L'ho chiesto proprio io ieri )

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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittą: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 12 ottobre 2006 : 17:49:58  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
si', poi ci sono anche tanti altri programmi per l'allineamento e la ricerca in database, per esempio Muscle, T-Coffee, Hmmer, Exonerate, e un sacco di altri commerciali.
Inoltre per conoscere bene la differenza, ti consiglio di cercare per conto tuo su Internet.. e' difficile dare una risposta soddisfacente in un solo topic ;)

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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