Tempo fa avevo disegnato questi primers e mi sono sempre trovata benissimo:
Neomycin FW
TGCTCTGATGCCGCCGTGTT
Neomycin RV
GCCAGTCCCTTCCCGCTTCA
l'amplificato dovrebbe essere di 184bp.
Purtroppo non trovo più il protocollo e non ti so dire esattamante a che Ta li utilizzavo, ma basta che usi un programma per calcolarla.
Comuqne funzionavano molto bene.
La sequenza della Neomicina è questa:
ATG GGA TCG GCC ATT GAA CAA GAT GGA TTG CAC GCA GGT TCT CCG GCC GCT TGG GTG GAG
AGG CTA TTC GGC TAT GAC TGG GCA CAA CAG ACG ATC GGC TGC TCT GAT GCC GCC GTG TTC
CGG CTG TCA GCG CAG GGG CGC CCG GTT CTT TTT GTC AAG ACC GAC CTG TCC GGT GCC CTG
AAT GAA CTG CAG GAC GAG GCA GCG CGG CTA TCG TGG CTG GCC ACG ACG GGC GTT CCT TGC
GCA GCT GTG CTC GAC GTT GTC ACT GAA GCG GGA AGG GAC TGG CTG CTA TTG GGC GAA GTG
CCG GGG CAG GAT CTC CTG TCA TCT CAC CTT GCT CCT GCC GAG AAA GTA TCC ATC ATG GCT
GAT GCA ATG CGG CGG CTG CAT ACG CTT GAT CCG GCT ACC TGC CCA TTC GAC CAC CAA GCG
AAA CAT CGC ATC GAG CGA GCA CGT ACT CGG ATG GAA GCC GGT CTT GTC GAT CAG GAT GAT
CTG GAC GAA GAG CAT CAG GGG CTC GCG CCA GCC GAA CTG TTC GCC AGG CTC AAG GCG CGC
ATG CCC GAC GGC GAG GAT CTC GTC GTG ACC CAT GGC GAT GCC TGC TTG CCG AAT ATC ATG
GTG GAA AAT GGC CGC TTT TCT GGA TTC ATC GAC TGT GGC CGG CTG GGT GTG GCG GAC CGC
TAT CAG GAC ATA GCG TTG GCT ACC CGT GAT ATT GCT GAA GAG CTT GGC GGC GAA TGG GCT
GAC CGC TTC CTC GTG CTT TAC GGT ATC GCC GCT CCC GAT TCG CAG CGC ATC GCC TTC TAT
CGC CTT CTT GAC GAG TTC TTC TGA
Il modo più semplice per trovarla è cercare tra i vettori con la cassetta neo (ad es. PGK-Neo), qua ne trovi uno schematizzato molto bene: www.genebridges.com/gb/pdf/A001-PGK-gb2-neo.pdf
Prova a controllare i tuoi primers con questa sequenza.
primers neomicina
Didattica
Inserito il - 24 febbraio 2011 : 16:01:34
Inserito il - 24 febbraio 2011 : 16:11:21
