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markino3
Nuovo Arrivato



26 Messaggi
Inserito il - 11 marzo 2011 : 21:19:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di markino3 Invia a markino3 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti, dopo aver fatto una PCR ho fatto il gel che praticamente era pulitissimo in quanto non si era amplificato niente (purtroppo mancava il controllo positivo). All'altezza di circa 50-100 c'era la tipica "nuvoletta" di primers, da questa è possibile affermare che la reazione di PCR è partita anche se il mio gene di interesse non è stato amplificato oppure io vedrei i primer-dimers anche se la reazione non partisse?
Grazie a tutti.
Ciao

GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi
Inserito il - 11 marzo 2011 : 21:36:33  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
In che senso?
Se la reazione fosse partita i primers si sarebbero appaiati e avrebbero amplificato! Quindi ovviamente se non hai amplificato la reazione non è partita!
Poi però non avendo un controllo positivo non puoi dire se questo è successo perché non c'era il target da amplificare o se è perché qualcosa è andato storto!
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markino3
Nuovo Arrivato



26 Messaggi
Inserito il - 12 marzo 2011 : 10:53:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di markino3 Invia a markino3 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Il punto è: in tutti i lane ho visto una banda espansa a circa 100 bp relativa ai primers-dimer e all'aspecifico. Dato che qualcosa è stato amplificato a causa delle interazioni blande e aspecifiche dei primers co il DNA, potrei affermare che la reazione è partita, no?
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gilthanas
Nuovo Arrivato

0116_da_CIA



100 Messaggi
Inserito il - 12 marzo 2011 : 21:19:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di gilthanas Invia a gilthanas un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Se ottieni 1 banda comune in tutti i campioni compreso il controllo negativo significa che hai ottenuto una banda aspecifica o primer-dimers proprio come dicevi...

però visto che i dimers si formano tra i primers che si appiccicano tra di loro la reazione non sarà mai partita perchè per partire deve incominciare ad amplificare il tuo segmento, quindi non necessariamente la tua banda sarà dovuta ad una polimerizzazione da parte delle Taq.
Chiaro?
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markino3
Nuovo Arrivato



26 Messaggi
Inserito il - 16 marzo 2011 : 15:21:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di markino3 Invia a markino3 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Chiarissimo!Grazie mille!
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