elettroforesi DNA in condizioni denaturanti

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Autore

Discussione

LaFra
Nuovo Arrivato

Prov.: Lecco
Città: Lecco

4 Messaggi

Inserito il - 21 ottobre 2006 : 12:04:13

Ciao a tutti...ho un dubbio atroce!!
Ma nell'elettoforesi denaturante, l'agente denaturante cos'è? Dove si mette (nel tampone di corsa, nel pozzetto, prima di fare la corsa). O si denatura con alte T e poi si carica?
Grazie a tutti..
ciaociao
Fra

carmina
Nuovo Arrivato

Prov.: Foggia
Città: foggia

8 Messaggi

Inserito il - 21 ottobre 2006 : 12:25:33

ciao LaFra l'elettroforesi in condizioni denaturanti si usa x le proteine x fare in modo che le proteine migrino solo ed esclusivamente in base al peso molecolare.l'agente denaturante è l'sds (sodio dodecil solfato),un detergente che lega con la parte idrofobica gli amminoacidi neutri.inoltre espone la carica negativa del gruppo solfato(SO3-) verso l'esterno.questo fa in modo che tutte le proteine saranno cariche negativamente.di solito si usa prima di avviare l'elettroforesi xkè se no il vantaggio di far correre le proteine solo per peso molecolare nn si avrebbe

chick80
Moderatore

Città: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 21 ottobre 2006 : 12:34:48

Si può fare anche elettroforesi denaturante con DNA usando alte concentrazioni di urea.

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LaFra
Nuovo Arrivato

Prov.: Lecco
Città: Lecco

4 Messaggi

Inserito il - 21 ottobre 2006 : 13:45:05

grazie mille!!

ciaociao

moonycinzia
Utente Junior

234 Messaggi

Inserito il - 21 ottobre 2006 : 16:13:56

Già,come dice chick80,il gel in condizioni denaturanti si può fare anche per separare frammenti di Dna.
L'agente denaturante è l'urea e si usa direttamente nel gel di poliacrilammide(non nel tampone che io sappia).
Io uso questo tipo di gel per separare filamenti di dna dei quali uno dei 2 marcato radioattivamente al 5'.
prima di caricare i campioni li metto a 95° per separare i filamenti mentre l'urea che è nel gel serve a mantenerli separati durante la corsa.
CIAO!

GFPina
Moderatore

Città: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 21 ottobre 2006 : 18:03:27

E l'RNA???

Beh, solo per completezza aggiungo che il gel denaturante viene utilizzato anche per l’analisi dell’RNA!

L’RNA tende a formare strutture secondarie quindi è necessario farlo migrare in condizioni denaturanti per determinarne correttamente la lunghezza.
Si possono fare gel denaturanti di agarosio e in questo caso nella preparazione del gel si aggiunge la formaldeide (18ml di formaldeide 37% per 100ml di gel), oppure gel denaturanti di polyacrilamide aggiungendo UREA 8 M.
La sostanza denaturante viene messa anche nel “loading buffer” in genere formaledeide per i gel denaturanti di agarosio/formaldeide mentre per i gel di agarosio non denaturanti e per i gel denaturanti di polyacrilamide/urea si usa un loading buffer contenente formamide e SDS.